混沌元胎歸於沉寂，天柱異動平息，洪荒天地迎來了一段難得的平穩歲月。彈指間，便是三千載光陰流轉。
這三千載，對洪荒萬靈而言，是休養生息的黃金時期。天地靈氣緩緩恢複，量劫煞氣似被無形之力滌蕩稀釋，萬物呈現出一派欣欣向榮之象。
新生的人族，抓住了這寶貴的和平契機。首陽山部落，在賢者知生氏的帶領下，勵精圖治。他們效仿羿師留下的陣法與煉體之術，推演曆法，興修水利，馴養牲畜，燒製陶器，甚至開始嘗試冶煉粗銅，文明之火漸成燎原之勢。部落人口繁衍，不斷有新的聚落如星辰般散布在洪荒東南部較為富饒的土地上，彼此通婚聯姻，形成鬆散的聯盟。雖無共主，但以首陽山為尊，尊奉女媧聖母，感念闡教仙師。
昏迷的羿，被安置在首陽山靈穴深處，由部落巫醫與知生氏親自照料。那縷清心信香持續燃燒了三千年，其祥和之氣與羿體內殘存的玉清仙光、頑強的求生意誌交融，形成一層薄而堅韌的守護光繭，將玄羿魔尊的蝕骨魔氣牢牢封禁在胸口，維持著一種微妙的平衡。羿的氣息依舊微弱，如同風中殘燭，卻始終不滅。他的意識沉淪於無儘的黑暗與混亂之中，時而閃過部落篝火的溫暖，時而回蕩戰場廝殺的金戈，更有一道清蒙蒙的仙光與一股不屈的守護執念，如同燈塔般，指引著他迷失的靈魂。這漫長的沉眠，對他而言，是一場生死間的熬煉，亦是一場無意識的道心洗練。
諸聖道場，超然物外，卻並非無所作為。
昆侖山三清聖人，門下弟子漸豐，廣成子、赤精子、太乙真人等十二金仙名聲漸起，玄門正道氣象萬千。他們偶爾現身洪荒，斬妖除魔，或點化有緣，播撒道種，悄然擴大著玄門影響。
西方靈山，接引、準提二聖宏願不絕，度化之功不懈，雖成效緩慢，卻也讓西方教義如涓涓細流，開始滲入洪荒。
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女媧娘娘居於媧皇宮，靜參造化，對人族多有照拂，偶有祥瑞顯化，庇護其生息。
諸聖皆在等待，等待下一個天機變化的節點，亦在暗中推演那混沌元胎的最終歸宿。
妖族殘部退守妖界（原天庭碎片所化），在妖帥白澤與妖師鯤鵬的經營下，憑借周天星鬥大陣殘骸，勉強維持一方勢力，舔舐傷口，暗中積蓄力量，對大地之上的巫、人兩族，始終懷有戒心與貪婪。
巫族盤踞北俱蘆洲苦寒之地，內部派係林立，有主張休養生息者（如後土部落遺脈），亦有叫囂複仇擴張的激進派（如刑天、相柳等）。對人族的發展，他們心情複雜，忌憚其得仙道相助，又覬覦其生機與土地，摩擦時有發生，但大規模衝突並未爆發。
幽冥血海，暗流最為洶湧。
玄羿魔尊這三千載並未沉寂。他深知混沌元胎的沉眠隻是暫時，一旦出世，必是石破天驚。他的目標，從加速魔化轉為提前布局，欲在那元胎靈智初開、心性未定之時，便為其營造一個“屬於魔道”的洪荒！
他麾下魔子魔孫，以化身、誘惑、寄生等詭異手段，更加隱秘地滲透洪荒：
或有魔道典籍偽裝成上古傳承，流落山野，誘使心術不正者修習。
或有域外天魔侵襲修士渡劫之心，種下魔種。
更有甚者，直接魔化妖獸、精怪，使其成為散布災厄的爪牙。
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