是鴻鈞也不得不出手大戰祖君。
祖神們的勢力越發強大了，祖君們最終難以抵擋，伏羲以燃燒靈魂為代價將死城打落在了龍島，他也墜落而下，隻剩一絲魂魄，隨身八卦也跌落在那裡。
死城被封之後，沒有力竭的祖君通過古井逃回死界，女媧和有巢追殺而去，出了古井，祖君們早已逃得沒了蹤影，然而，有巢突然發現古井存在陣法，一座巨碑瞬間籠罩而下，企圖斬斷死界與九州的聯係，有巢氏毅然以疲憊帶傷的軀體硬撼天碑，但正當他全力對抗封印力量的時候，一位似乎無力遠遁而勉強隱藏的祖君偷襲了他，最終，他不得不身死在古井之中。
女媧剛離開便感應到有巢的危險，待她瞬間趕到，卻還是晚了一步，祖神級的出手迅捷無比，一念之間可攻擊千百萬次。女媧含恨，最終，這位已臨暮日的祖君飲恨在了她的手下。
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在這個祖君臨死前，女媧通過搜尋它的記憶，知道了更為驚人的秘密。
原來，那個超越祖神境界的契機與那個黑暗巨神有關，即使強如黑暗巨神，也並沒有超越祖神，它隻是一位處於祖神境界頂點的存在，那個所謂的契機，在光明與黑暗的儘頭。
光明與黑暗發源於一點，那似乎是另外一個世界的漏洞，光暗不過是那個世界透過漏洞散發的一絲力量的變異而已，由此可見，那未知的地方，究竟是如何恐怖。
無數歲月之前，黑暗企圖吞噬光明，從而強大自身，之後逆轉自己，回到原點那裡的世界。然而，本無心爭強的光明，最終在黑暗的不斷挑釁下奮起抵抗，竟然戰勝黑暗，籠罩了世間，從而產生了四方世界，百族雲集。
黑暗不可能真的消失，它與光明本為同體，它隻是蟄伏在了光明之下，黑暗在被困之前，偷天換日，給自己埋下了一顆種子，這顆種子就是黑暗巨神。
女媧在得知這些的同時，也知道了祖君們利用黑暗秘法竟然將死界和洪荒天界聯通了，由於洪荒天強者不能離開洪荒天，再有以前的祖神們依然與他們在那一界互相牽製，所以無法降臨死界來助它們征戰四方。
由於各界都被封困了，女媧也無法脫身出死界，於是她想用剛剛殺死的祖君之骨模仿死城魔井製造一個通道，但最終沒有成功，這個通道隻能達到由虛凝實的作用，於是女媧便如蕭晨那樣回歸了九州，她發現死城拘謹了很多強者，這些人已死，卻被控製，隻剩下保衛這座城的意識，女媧無心毀滅它們，對於祖神來說，這一切實在不足一提。女媧直接來到燧人氏的屍體旁，給他蓋上裹屍布，之後到東海尋到處於迷失之中佛陀的無上無量佛身，也為其披掛了裹屍布，然後以大法力給整座龍島設下了神光等封印，她連番戰鬥，所剩力量不多，一番布置之後，力竭，被拉回了死界。
女媧回到死界後，恢複了一點力量，用祖君骨骸煉製女媧戒，然後再次回到九州，以女媧戒盛裝始祖龍僅剩的頭骨和僅餘一絲魂魄的伏羲，然後在洛陽城處將全身力量困於地下，從而達到力竭被拉回死界的目的。後來，女媧留在洛陽的力量，被蕭晨駕馭的上古黃泥台吸收了。
女媧還記掛著龍族和死城，龍族是一股強大的力量，不可被永世封困，她為了給龍族留下出去的希望，將禁忌封印設定為每隔一段時間開啟半年。
為了以防萬一，她還煉製了祖龍船，祖龍船為始祖龍頭骨煉化而成。龍王集齊可召喚祖龍船，這些龍王到外麵的世界才會有更大的神性，成就祖龍的機會就更大。
而同時，她也給那些能夠逃出死城的強者留了後路，那便是君王船，由祖君骸骨煉製，她將伏羲身軀安放其中，由於伏羲之前承受了死城無儘煞氣，所以此時他的氣息才如此陰邪。
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