對於衛所製，朱由校心中並無討厭。他知道，對於守成不足、內憂外患的大明而言，舊有的衛所體係確如一個沉重的毒瘤，積弊叢生，軍戶逃亡、屯田廢弛，幾乎成了一觸即爆的隱患。
然而他並非什麼守成之君——他可是想當『球長』的男人。在他眼中，稍加改造的衛所製，完全可以成為大明開疆拓土、經營海外的一柄利刃。
要知道，衛所製本為「兵農合一」之製，軍士平時屯田自養，戰時出征守禦。按製每軍授田五十畝，耕戰一體，糧秣自給，無須仰賴長途轉運，極大減輕後勤壓力。
更關鍵的是，衛所不僅為軍事單位，更兼轄行政、司法之權——衛指揮使統管一方軍民政務，千戶、百戶分理轄區，既可戍防，又能治民，實為軍政合一之基。
朱由校回想起國初之時，衛所製曾為大明穩固邊疆、開拓雲南、經營遼東發揮過重要作用。它有效解決了長期戍邊帶來的糧餉問題，使軍隊在駐防地紮根經營，實現了「以兵養兵」「以邊治邊」的初期戰略目標。
然其弊亦顯而易見：日久則官權過重、兵農雜處，軍紀漸弛；官將世襲，易成割據；軍屯侵吞，士卒貧苦，戰力日衰——這一切都使衛所從根基之上逐漸腐化。
但朱由校所思，乃是以新策革舊弊。他意圖在海外拓殖之中重啟此製，並加以嚴格約束和優化——削弱指揮使之權，設官員監軍治民、分權製衡；劃定屯戍範圍，以艦船與火器為後盾，使衛所成為大明遠播威儀的基石。
在他構想中，未來的衛所將不再是內斂防守的孤點，而是開拓的前哨、文明的支點：駐軍鎮守、組織生產、推行教化，甚至以戰養戰，以海外之豐裕反哺天朝軍力。
朱由校收回思緒，目光重新聚焦於殿中諸將，語氣中帶著一份理解，緩緩開口：
「朕知道！遼東苦寒，糧餉轉運艱難，朝廷時有拖欠！將領們要養家餬口，要維持體麵，甚至拿朝廷軍餉蓄養『家丁』！」
「家丁」二字，他咬得格外清晰！殿內不少將領，尤其是那些世代將門出身、依賴家丁作戰的，心頭猛地一跳！
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「為了在戰場上保命，為有一支可戰之兵，爾等私蓄家丁，厚給糧餉、精配甲械，此乃戰場求存之道，朕，體諒！」朱由校的話，讓一些將領稍稍鬆了口氣，甚至有些意外皇帝的「體諒」。
但緊接著，他聲調陡然揚起，
「然此風絕不可長！家丁者，私兵也！厚私薄公，軍心必散！朝廷法度何存？這些家丁到底是朝廷的兵，還是爾等的私屬？拿朕的餉，養自己的兵——諸位將軍，意欲何為？莫非想要造反不成！」
「陛下息怒！臣等萬萬不敢！臣等實有苦衷啊！」一眾遼東將官紛紛跪地，聲音發顫，心中卻叫苦不迭——陛下這「心裡話」，分明是要人命來的！
「哼！」朱由校冷聲道，「朕今日立下鐵規：即日起，遼東軍中，嚴禁私蓄家丁！」
「所有將領親衛，須依朝廷定製：總兵官，親衛三百；參將，百人；遊擊，五十；千總，三十；百戶，十人！糧餉甲仗，皆由朝廷統一撥發，按製配給！任何人不得超編、不得剋扣軍餉以肥私兵！違令者——以軍法嚴懲不貸！」
殿下眾將神色驟變，尤其那些倚家丁為根本者，更是麵如死灰。將他們的家丁沒收，重新歸為朝廷經製之兵，這可是要拿走他們的安身立命之本啊，但是想想城外那喊殺聲震天的精銳，皆不敢作聲。
熊廷弼見狀，立刻上前一步，躬身道：「陛下聖明！裁撤私兵，統一軍製，乃強軍固本之道！臣熊廷弼，定當以身作則，嚴查各部，確保陛下旨意，在遼東軍中，暢通無阻！」
他聲音洪亮，義無反顧的表達了支持，自他經略遼東以來，早已對將領蓄養私兵、朝廷經製之兵淪為家丁的現象深惡痛絕，卻苦於無法根治。
若非陛下派龍驤軍與重甲鐵騎前來，莫說瀋陽大捷，能守住瀋陽已屬萬幸。
周應春亦朗聲附和：「臣附議！遼東都司、各衛所即行清查將領親衛，造冊登記，嚴格執行聖定員額，有違者，必以軍法嚴懲！」
賀世賢更是聲如洪鐘：「陛下！末將有罪，末將麾下亦曾私蓄家丁，此乃違製之行，懇請陛下治罪！從今往後，末將的親兵，以後就按規矩來！誰敢多養一個，末將第一個砍了他！」
有熊廷弼、周應春這兩位遼東最高軍政長官帶頭，又有賀世賢這等功勳卓著的悍將表態支持，殿內其他將領，縱有萬般不甘和疑慮，此刻也不敢表露分毫。
他們隻能齊聲應諾：「臣等（末將）遵旨！」
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