為此，他特命禦前參謀司著手起草《大明整軍綱要》，這部綱要，將成為未來十年大明軍事改革的總綱。
其內容涵蓋極廣，既有軍隊內部掃盲班之設立，凡入伍士卒，無論出身，須識字三百以上，通曉基本軍令與律條，打破「兵不知令、將不識圖」的舊弊；
又有士兵年均夥食標準之製定，每日米糧、肉菜、鹽油皆有定額，不得剋扣；更涉及軍隊後勤管理體係的構建，從軍需倉儲、道路修繕到戰地醫療、傷員轉運，皆擬訂細則。
此外，還擬推行「軍法官」製度，仿照文官監察體係，在連級以上建製設專職軍法官，獨立於指揮係統之外，專司軍紀糾察與官兵權益保障，既要嚴懲臨陣脫逃、剋扣軍餉等惡行，也要保護士卒不受將領私刑濫權之苦，確保軍中公正嚴明；
另設「軍屬撫恤署」，與兵部、戶部對接，負責對陣亡將士遺屬發放撫恤、分配屯田，對傷殘士兵，妥善安置為驛站驛丞、皇店管事或地方民壯教頭，確保「死有所葬，生有所養，傷有所依」
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這一切的改革舉措，皆是為了從根本上重塑軍人的榮耀。他要讓天下人明白，從軍報國非但不是賤業，而是男兒立身天地間、建功立業、光耀門楣的崇高途徑。
他要復興漢唐那種「大丈夫功勳馬上取」的豪邁氣概，讓「忠君報國、開拓進取」成為每個大明軍人的精神信條，徹底扭轉「好鐵不打釘，好男不當兵」的陋見。
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朱由校心裡明白，雖然現在武器裝備、精銳兵員，他都可以借係統之力迅速獲得，可整個大明軍隊的思想建設與軍魂塑造，卻無法憑空生成，必須由他親自摸索、奠基。
後世半島那場慘烈之戰已經向我們證明，一支裝備落後、補給匱乏的軍隊，竟能以血肉之軀擊退武裝到牙齒的敵人，究其根本，非因武器之利，而在軍魂之堅。
一支沒有信仰、沒有紀律、沒有集體榮譽感的軍隊，縱使披堅執銳、甲冑如雲，亦不過是烏合之眾。
正當他沉思之際，一名小太監捧著密匣快步趨入，躬身呈上：「陛下，南京加急密信。」
朱由校抬手示意太監退下，此信由魏忠賢與楊明輝聯名呈遞，僅用三日便抵達京師，送到了朱由校手中。
係統錦衣衛所用信鴿皆經嚴格馴養，每日可疾飛三百裡以上，遇急務則換鴿接力，晝夜不停。至於傳書內容皆以特製密文書寫，字字對應暗碼，非北鎮撫司指定人員不得解讀，即便中途被截，外人亦難窺其意。
朱由校展開信箋，目光掃過，隻是淡淡的笑了笑，「就這些手段？罷市、民謠、煽動織工、聯絡海盜……二十年前玩過，如今又搬出來？連點新花樣都沒有。」
對於南直隸這幫士紳是不是真的能搞出什麼大亂子，他是一點擔心都沒有。見識過後世那些跨國財閥，動輒操控一國貨幣、引爆全球金融危機，甚至能左右戰爭走向，相比之下，眼前這群江南士紳的伎倆，在他眼中不過是鄉紳鬨劇罷了。
何況自己在江南布局已久，要錢有錢，要糧有糧，還有十幾萬精銳坐鎮，怎麼輸？魏忠賢要是連這點事情都處理不了，那也不必留在他身邊了，直接去鳳陽守陵便是。
對於南直隸現在百姓對朝廷稅收政策的抗拒，朱由校想起自己的那個便宜爺爺，心中也是頗為無語。
當初萬曆為了斂財，往全國各地派遣稅監，這幫太監在禦前個個恭順如犬，可一旦離了京城，便立刻勾結當地流氓地痞，橫徵暴斂、敲詐勒索，確實把百姓禍害得不輕。
但要說此事背後沒有這幫士紳勾結，慫恿，甚至暗中操縱，他是不相信的。
再想到後世這幫江南士紳麵對清軍鐵蹄時的醜陋嘴臉，朱由校心中便湧起一股寒意。
大明尚在時，他們便敢結黨抗旨、煽動民變、把持市舶司獨占海貿之利、千方百計拒繳國稅，還一個個以「清流」「鄉望」自居，動輒拿「民為貴，社稷次之，君為輕」來要挾朝廷
可一旦建奴兵臨城下，刀鋒架到他們脖子上，他們便瞬間褪去所有偽裝，爭先恐後地匍匐在地叩首，剃髮易服比誰都快，獻城獻女如獻玩物，搖尾乞憐似喪家之犬，一口一個「主子」喊得比八旗包衣還順溜。
他們哪裡是什麼忠義之士？分明是欺軟怕硬、見風使舵的勢利之徒！
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