軍隊是國家的最大保護，登基之後的阿方索一直將其看做第一優先事務，這也是為什麼他一登基，就十分熱衷炮兵的改革的原因，顯然炮兵改革暴露的軍事問題更需要解決，否則等待敵人打到你家門口，恐怕就要唏噓了。
1789年的2月18日，阿方索責令組建「軍隊章程和改革委員會」由23名有著戰爭經驗的高級將領組成。安東尼奧.裡卡多斯上將作為委員會的主席，負責審查軍隊的構成、規模、後勤、徵募、訓練和戰術等等。
至於的改革的方向，軍事研究的前人其實早就給出了答案。為什麼法國人在大革命後的軍隊如此強大，那是因為他們早早就站在幾代法國軍事家的肩膀之上。他們都針對困境而做出了各種改革。正是他們的理論依據和實踐結果，成就了科西嘉少年的法蘭西帝國夢。
喜歡讀書的阿方索評閱過很多當代的書籍，在十八世紀缺乏現代娛樂活動的時代，看書成了阿方索最打發時間和活動。
奧地利王位戰爭為法國取得逆轉勝的莫裡斯.薩克斯元帥寫就的《我的夢想》，就提倡普遍兵役製，並要求所有身體合格的國民都要服役5年。軍隊要給予基層士兵以良好待遇，在提拔軍官時不應該依靠出身來做決定。另外他建議廢除兵種單一的營-團-軍體製，組建由騎兵、步兵、炮兵和工兵混編的新式軍團。這些思想在後來都被大革命時期的法軍所接納，成為現代軍隊中的師級單位雛形。
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還有就是法國軍事思想家的吉貝爾特的《戰術通論》，可以說將國民軍隊看得比的莫裡斯.薩克斯更加徹底，認為需要通過動員起所有人的政治熱情，打造出一支在軍事素質和數量上都占優勢的全民軍隊。因為舊的王權時代，大部分戰爭交給少量職業軍人。結果是國民對戰爭毫無關心，許多非軍事貴族也不重視對軍事科學的研究。貝吉特還充滿自信的寫到，一旦新式的全民軍隊建立，必然會是橫掃這些陳舊死板的舊勢力武裝。
對於戰爭本身，吉貝爾特強調運動戰勝過圍攻戰。他尖銳的指出，那些缺乏士氣的王權軍隊，經常把戰爭變成了消耗金錢的遊戲。國民花費大量稅金用於修建土木工事、維護大炮運作和圍城期間的其他消耗。士兵則呆在分散的要塞中，因時間而壓抑而變得消極與懦弱。在他看來，一支果敢勇猛的軍隊應最大限度集中兵力，主動尋找敵軍主力，將其在戰場上加以消滅。這樣可以在最短時間獲得戰爭勝利，並最大限度的減輕國民的經濟壓力。
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歷史上，隨著法國大革命的到來與歐陸反法同盟的形成，吉貝爾特的理想軍隊開始迅速孵化。當年由薩克斯元帥提出的技術指導，則賦予新的法蘭西共和國軍隊以強大戰力。前後兩代人的理論探索，最終在科西嘉皇帝手裡整合為全麵優勢。
隻可惜尚還在法國陸軍擔任首席軍事顧問的吉貝爾特無法得到保守的政府信任，一直沒有採納他的建議。
既然有了方向，那就要執行。不過阿方索畢竟已經過了中二的年紀，沒有想著要一步到位，法國人用一場革命葬送了王室和特權階級，而阿方索可不想引火自焚，說到底國王也是貴族階級特殊的一個而已。他更喜歡溫水煮青蛙，一步一步進行變革。
首先開刀的就是清退西班牙高階那是無用的貴族將領。軍官成為貴族為避免破產而榨取年金俸祿的一條途徑，大量的貴族被塞進軍官隊伍。這些軍官身上的封建貴族習氣濃重，他們中的5/6根本不去軍營生活，即便在在軍營也往往攜帶大量行李僕從，給軍隊帶來沉重的不必要負擔。他們為了分食軍祿，這些軍官有時會輪流到軍指揮然後瓜分軍餉。
裡卡多斯上將對於這件事情十分痛恨，因此新官上任就是對他們開刀，一下子削減了三分之二的掛名貴族的職位，結果便使得高昂的軍費也減少了不少。貴族們對這次改革也有反抗和抱怨的，但是阿方索一直對於此事裝聾作啞。而節省出來的軍事開支，自然就被用在了提高了士兵的薪資和待遇上。
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