XIG研發中的穿越機器，以星野勉的圖書為線索，再度穿越世界。
此時，紅球催化了不良少年們心中的黑暗，將怪獸歐布猛斯王實體化，我夢變身為蓋亞迎戰怪獸。
在蓋亞對歐布猛斯王優勢時，歐布猛斯王分化出了怪獸巴吉利斯和斯休拉助戰，三隻怪獸的圍攻使蓋亞陷入了絕命危機。
危機時刻，星野勉拿到紅球，充滿希望的吶喊召喚來了迪迦和戴拿兩位光之巨人，援助蓋亞對戰怪獸。
最後，在斯休拉被迪迦打倒、巴吉利斯被戴拿擊敗後，歐布猛斯王失去力量，最終被蓋亞至高型消滅。
戰鬥結束，蓋亞變回我夢，向星野勉道出紅球的真相。
知道了事實的星野勉，不希望紅球再造成傷害，於是許願希望紅球永遠消失，修復紅球對世界的傷害。紅球消失，它所造成的一切事物也都會消失。
我夢將圖書還給了星野勉，留下鼓勵的話語後，返回了原世界。
蓋亞孤身奮戰消滅了多個敵人，在對戰庫羅斯沙巴伽時，我夢終是找到了失蹤的藤宮。藤宮的自暴自棄，讓我夢不知如何是好。
在和西格瑪茨依古爾的戰鬥中，蓋亞誤中敵計被抓，將被帶離地球。關鍵時刻，藤宮重拾自我，再度獲得海洋之光並變身為阿古茹V2型，擊敗了機器獸，救下了被困的我夢。
蓋亞和阿古茹終於達成共識，兩位奧特曼聯手作戰，消滅了宇宙怪獸超戈布和超巴茨斯。但根源的破滅招來體的攻勢也逐漸加強，接踵襲來的強敵———破滅魔人布裡布羅茨和澤布下，雖然都被蓋亞擊敗，但地球防衛力量也受到重創。
到了最後階段，空中基地因為撞擊莫奇安的玉石俱焚式作戰而毀滅，XIG的據點換到吉歐基地，而我夢與藤宮的身份也被XIG重要成員得知。
「根源的破滅招來體」派出大量蝗蟲覆蓋地球表麵，阻擋陽光，影響通訊，但報導壞消息的新聞卻未能阻止這一現象。蓋亞奧特曼和阿古茹聯手對戰魔蟲的集合體——破滅魔蟲愷撒德比西，但因敵人數量太多陷入苦戰。
破滅招來體的最終兵器根源破滅天使佐格出現後，更以壓倒性實力擊敗蓋亞和阿古茹，通過新聞轉播讓全世界看到，並奪去了他們的奧特之光力量，使他們在全世界人類的注視下恢復本體，以此一舉擊潰人類最後的希望。
此時，地球怪獸卻大舉出現對付魔蟲，我夢以地球內部的力量恢復了通訊，「鏈金之星」亦與XIG合作，利用怪獸的能量轉化成光，使我夢與藤宮再次變回奧特曼並且得到強化，阿古茹V2聯手至高型蓋亞，殲滅了全部的破滅魔蟲，並一舉打敗根源破滅天使佐格，恢復和平。
決戰之後，兩人都沒有了光的力量，我夢最後選擇回到大學繼續從事研究，而藤宮則獨自踏上了旅途。
在擊敗佐格的數年後，不再是蓋亞的高山我夢，回歸了普通人的生活，回大學繼續量子研究。由於根源破滅海神伽庫佐姆的甦醒，地球生態受影響而出現異常。GUARD陸續收到來自海底的未知文明「裡納爾」的求救訊號，XIG為了調查事態而出動槍魚隊，並找回了高山我夢協助，下潛到太平洋海溝8000米深的海底調查。
此時，伽庫佐姆吞噬裡納爾的力量而完全甦醒，大群的破滅飛魚遮蔽天空，使地球再度陷入黑暗。
我夢等人在海底接觸了未知生物裡納爾，但被破滅海神的攻擊打壞潛艇，陷入危機。
為了挽救地球，裡納爾族以自身力量喚醒了地球之光，讓我夢能再次成為蓋亞奧特曼。
蓋亞和先前已經復活的阿古茹一同迎戰伽庫佐姆。蓋亞起初能互角伽庫佐姆，但在伽庫佐姆強化後便遭到壓製，即使和阿古茹聯手也不敵破滅海神強化體，命懸一線。危急時刻，裡納爾集合全族的力量，為兩位奧特曼補充光之能源。
力量增強的蓋亞和阿古茹再度迎戰，對破滅海神展開壓倒性的反攻，最終以組合技「光子方場」消滅了伽庫佐姆（強化體），破滅招來體的陰謀再一次被粉碎。
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