科學的過渡階段往往伴隨著殘酷的否定階段，不管是什麼養的科學種類都逃不過這個環節。
達爾文進化論是19世紀中葉，達爾文創立了科學的生物進化學說，以自然選擇為核心，第一次對整個生物界的發生、發展，作出了唯物的、規律性的解釋，推翻了神創論等唯心主義及形而上學在生物學中的統治地位，使生物學發生了一個革命變革。
在文藝複興以及思想啟蒙之後，現代科學的理性思維已經建立起來。達爾文的時代是十九世紀中後期，正是走出蒙昧，提倡科學的前一階段，在思想和理性上，為達爾文創立自然選擇進化論提供了思想依據。而青年時的遠遊，則為他積累了大量的實據，引發了他關於物種進化的思考並最終形成一個完整的體係。不可否認，由於當時科學不太發達，進化論存在理論缺陷，可隨著科學的不斷進步，進化論已經發展成現代綜合進化論了。
其實反對進化論的目的隻有一個——引出神。現在這些反對進化論人士已經很隱晦了，不直接說神造，而是智能設計論，可物種如何出現的問題隻有兩種可能，一是自然演化，一是被創造。即使我們地球的生命是被外星人創造的，那麼外星人從哪兒來依然是一個問題，依然存在是進化還是被創造的問題，因此，考慮宇宙中的生命，依然隻存在自然演化與被創造兩種可能。
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否定了進化，即自然而然地引出了創造者，如果創造者是外星人，那麼這個問題沒有得到根本解決，因此，最終隻有引出神造，才是根本目的，神在宗教那裡是不需要被創造的，這也是為什麼反進化論者基本上為宗教人士的原因，而創世說無論以何種名義作掩飾，都不會為科學研究增添絲毫有價值的東西。
生物之間存在著生存爭鬥，適應者生存下來，不適者則被淘汰，這就是自然的選擇。生物正是通過遺傳、變異和自然選擇，從低級到高級，從簡單到複雜，種類由少到多地進化著、發展著。
物種是可變的，現有的物種是從別的物種變來的，一個物種可以變成新的物種。這一點，如今早已被生物地理學、比較解剖學、比較胚胎學、古生物學和分子生物學等學科的觀察、實驗所證實，甚至在實驗室、野外都可以直接觀察到新物種的產生。所以，這是一個科學事實，其可靠程度跟“地球是圓的”、“物質由原子組成”一樣。在今天，除了少數由於宗教信仰狂熱而無視事實的人，實際上已無生物學家否認生物進化的事實。
所有的生物都來自共同的祖先。分子生物學發現了所有的生物都使用同一套遺傳密碼，生物化學揭示了所有生物在分子水平上有高度的一致性，最終證實了達爾文這一遠見卓識。所以，這也是一個被普遍接受的科學事實。
現在學術界一般認為，自然選擇的使用範圍並不象達爾文設想的那麼廣泛。自然選擇是適應性進化（即生物體對環境的適應）的機製，對於非適應性的進化，有基因漂移等其他機製。也就是說，不能用自然選擇來解釋所有的進化現象。考慮到適應性進化是生物進化的核心現象，說自然選擇是進化的主要機製，也是成立的。
在達爾文在世時以及死後相當長一段時間，大部分生物學家，特別是古生物學家，都相信生物進化是能夠出現躍變的，認為新的形態和器官是源自大的躍變，而不是微小的變異在自然選擇的作用下緩慢而逐漸地累積下來的。包括赫胥黎在內的一些古生物學家由於強調生物化石的不連續性，而持這種觀點。在遺傳學誕生之後的一段時間內，早期遺傳學家們由於強調遺傳性狀的不連續性，也普遍接受躍變論。
進化論是人類曆史上第二次重大科學突破。第一次是日心說取代地心說，否定了人類位於宇宙中心的自大情結；第二次就是進化論，把人類拉到了與普通生物同樣的層麵。所有的地球生物，都與人類有了或遠或近的血緣關係，徹底打破了人類自高自大，一神之下，眾生之上的愚昧式自尊。
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