這時則發揮最大用處，伏倭刀原稱戚刀或繼光刀，係戚繼光抗倭時發現明軍大刀材質不如倭刀好，便以中國的劍與日本武士刀結合而成，加強了突刺的技能，能有效對抗日本武士刀的砍劈刀法，於是仲坤賢按戚繼光研究倭刀的理論，要求朝鮮各處鐵舖趕製繼光刀，訓練軍隊使用鴛鴦陣等陣法，雖然此陣法適合對付小股倭寇及小船海戰，但仲坤賢認為登陸初期，接戰的日軍應該都由當地的藩派出，規模不大，能收宏效。因為敵主我客，我軍對地形不如日軍熟悉，因此派出情報人員繪製日本地圖，再按軍圖規格放大到萬分之一，分發到各連總兵官手上，並簽名收存，以示負責，危急之時，自行銷毀，遺失或被敵俘獲按軍法嚴懲。
成軍後每日操練，未有間斷，仲坤賢都親自督促，而此時向葡萄牙購置的紅夷大炮及火槍均已抵達鐵山，仲坤賢又向毛文龍索討了紅夷大炮八門，各軍配置四門由一個標的士兵操作，配屬在軍部，由軍總兵官直接直揮，火槍一萬枝，各軍配發五千枝，各編成一火龍衛，也是由軍總兵官直接指揮，各軍另有一個工兵所，專門操作活動拒馬，製作簡易詭雷，軍營搭建…等工兵勤務。
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