《成都協定》的墨跡於1931年初夏乾涸，四川乃至整個西南的目光都聚焦於成都。林源兵不血刃收編劉湘部，初步實現四川形式上的統一，其勢力如日中天。然而，對於深諳“馬上得天下，不可馬上治天下”之理的林源而言，真正的挑戰才剛剛開始。將軍事上的壓倒性優勢轉化為穩固有效的統治，將龐雜的投降部隊整合為如臂使指的鐵軍，將百廢待興的四川建設成為堅實的戰略根據地——這一切，遠比攻城略地更為複雜和艱巨。一場涉及軍事、政治、經濟、社會全方位的深刻變革，在林源的主導下，於巴山蜀水間全麵鋪開。
收編劉湘部及各地零散投降部隊，林源麾下名義上的兵力膨脹至二十餘萬，但成分複雜，裝備不一，戰鬥力良莠不齊，更潛伏著山頭林立、人心不穩的隱患。強有力的軍事整編，是鞏固權力、應對未來挑戰的基石。
林源下令在“西南軍政委員會”下設立“整編委員會”，自任主任，齊學啟、鄧孝先等心腹大將及原劉湘部部分高級將領（如表示效忠的郭勳祺等）為委員，負責全盤整軍事宜。整編原則如下：
對所有投降、投誠部隊進行嚴格點驗和甄別。老弱病殘一律發放路費資遣回鄉；兵痞、慣匪及思想頑固者予以清除；精銳官兵打散原建製，與林源嫡係部隊進行混編，以老帶新，消除原有山頭。
全軍采用統一的軍、師、團、營、連編製。以原新38師、新22師、第50師、第14師等戰功卓著的部隊為骨乾，擴編為4個甲種軍（每軍下轄3個步兵師及炮兵團、工兵營等直屬部隊），作為戰略機動力量。原劉湘部主力整編為2個乙種軍（每軍2-3個師，裝備稍遜），主要負責區域守備。各地保安團、民團等地方武裝統一整編為保安旅或獨立團，歸各省區保安司令部節製。
設立“軍械總局”，統一接收、調配全軍武器裝備。優先保障4個甲種軍的美械、德械裝備，乙種軍以國產步槍漢陽造和繳獲雜式武器為主，逐步實現彈藥標準化。建立統一的被服、糧秣、醫療補給體係，由總後勤部直接調度，切斷部隊長官自行籌餉的渠道，從根源上削弱其獨立性。
整編不僅是軍事改組，更是思想上的改造。政治部的工作深入到每一個新整編的連隊。
從林源嫡係部隊中抽調大量忠誠可靠、有一定文化的班排長、政治指導員，充實到新編部隊的基層，擔任副職或主管，確保軍令暢通和組織控製。
在全軍範圍內開展大規模的政治教育運動。內容不僅包括基本的文化掃盲，更核心的是灌輸“服從林總指揮領導”、“捍衛四川統一成果”、“為民而戰”的思想，強調軍隊的國家屬性和人民屬性，淡化個人效忠和地域觀念。反複宣傳林源的戰功和“解民倒懸”的恩德，塑造其權威。
完善軍隊中的政治工作製度，建立士兵委員會（受控於政治指導員），鼓勵士兵監督軍官。軍法處和政保部門加強對軍官，尤其是原降將的考察和監控，防止異動。
整編完成後，全軍轉入為期三個月的大練兵。訓練重點從單兵技能轉向諸兵種（步、炮、工、通）協同作戰，尤其是攻堅戰、防禦戰和長途機動能力。同時在成都北較場成立“西南陸軍軍官學校”，林源親任校長，抽調優秀軍官和青年學生入學，培養忠於自己的新一代軍事骨乾。原劉湘部等降將中，願意學習者也可入校“深造”，實為思想改造和融入過程。
雷霆萬鈞的整軍運動，迅速將一支龐雜的聯軍，初步鍛造成了一支號令統一、結構清晰、具有一定戰鬥力和忠誠度的武裝力量，為林源提供了應對內外挑戰的硬實力。
軍事整編的同時，政治、經濟、社會層麵的建設亦緊鑼密鼓地展開。林源的目標，是將四川建設成為足以支撐其宏圖大業的穩固根據地。
“西南軍政委員會”成為四川（實際上包括西康）最高權力機關，林源任委員長，大權獨攬。委員會下設民政、財政、建設、教育、司法等專門委員會，吸納了一批原川中技術官僚和開明士紳，嘗試建立專業化行政管理體係。
廢除軍閥時代的防區製，將全省劃分為若乾行政督察區，由委員會直接任命專員。嚴厲懲處貪官汙吏，選拔一批受過新式教育、較為清廉的年輕人充實基層政權。推行保甲製度（加以改良，強調職責而非連坐），加強社會控製。
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建立各級法院（仍受軍政委員會監督），試圖樹立司法獨立形象。嚴格控製輿論，接管或創辦《新四川日報》等喉舌，宣傳新政績，抨擊舊軍閥罪惡，引導輿論。
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