間的時候，失去禦主資格的言峰綺禮卻偷襲了衛宮宅，把作為小聖杯的愛麗絲菲爾扛走。
目的是為了吸引衛宮切嗣過去和他見麵，猶如命運收束線一樣，兩人在冬木市的人民大會堂發生了戰鬥，還沒打完黑泥就從天而降。
之後，衛宮切嗣在聖杯的問答中，得到了自己所期盼的奇蹟並不存在，或者說是存在奇蹟，但那種奇蹟隻能以他能理解的殺戮方式去解決，即隻有殺光人類，才能讓世界獲得永遠的和平。
痛苦地殺死了聖杯內部幻像的妻子和女兒，衛宮切嗣從黑泥的汙染中脫離，就得到自家從者戰敗的事實，他想要破壞被此世之惡汙染的聖杯，但已經沒有能力做到了。
不過，伊斯坎達爾是個豪邁的王者，作為其禦主的韋伯維爾維特身上也有著年輕人的稚氣和正義。
麵對汙染卻依舊可以許願抵達根源的聖杯，這對組合做出了其他正常魔術師都難以做出的摧毀聖杯的決定。
聖杯被摧毀了，但一部分此世之惡還是通過聖杯與現實的連結流了出來，冬木市被迫遭遇意外的地震，死了很多人。
幾天後，衛宮切嗣收養了一個失去所有記憶和身份的兒子，並將之命名為衛宮士郎。
而在聖杯儀式結束沒過多久後，韋伯就帶著一個身上有著此世之惡詛咒的魁梧大漢，讓對方以侍讀的身份回到了時鐘塔。
並為了研究解除詛咒的魔術，泡在了圖書管裡到處找資料，直到被肯尼斯派人找上門。
因為一場神秘儀式，一位魔術天才隕落了，但他的弟子站起來了，以聖杯戰爭優勝者的身份出現在大眾的麵前，繼承了埃爾梅羅在時鐘塔的君主位置。
肯尼斯和曾經的學生進行了一筆交易，用埃爾梅羅君主這個更能夠接觸各種高深魔術的身份，去換取被此世之惡受肉詛咒的征服王的庇護。
什麼，你問間桐雁夜去哪了？
很遺憾，這人在聖杯戰爭期間，下令讓自己的從者去殺死間桐臟硯的時候，被臨死的間桐臟硯引爆體內的刻印蟲帶走了生命。
而遠阪時臣，在傷勢恢復後，也算是儘到一個父親的責任，教導大女兒魔術，為小女兒找尋到一份新的魔道傳承，但可惜的是，隻有遠阪凜原諒了他，而間桐櫻則一直住在了藤村家。
對此，優雅男人無可奈何，隻能通過藤村大河，將花費大代價買來的虛屬性魔道傳承交給小女兒。
藤村大河由此接觸到了魔術，雖然沒有優秀的魔術天賦，但還是從遠阪時臣的身上學到了一兩手魔術，成為一個不入流的魔術師，即沒有家族傳承的魔術師。
戰後一個月，衛宮切嗣去德國看望自己親生女兒，卻被愛因茲貝倫家族拒之門外，理由是因為他沒有拿回來這次的聖杯，無論他怎麼解釋都沒用，直接攻打人造人家族也不現實。
之後，衛宮切嗣尋找起布羅利這位便宜女婿的蹤跡來，但卻從鄰居家得知男孩回去自己的世界了，無奈之下，隻能接受自己和女兒分開的結果。
言峰綺禮受了重傷，沒死但殘廢了，言峰璃正年事已高，將冬木市聖堂教會的神父位置退位給兒子。
同時藉助遠阪家的人脈，把修道院的孫女接過來，讓其成為照顧言峰綺禮的見習修女。
冬木市平靜了下來，但好像又不平靜，因為吉爾伽美什與布羅利的對決，讓世界知道了聖杯的存在，也知道了英靈的強大。
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聖杯雖然被摧毀了，但人的欲望依舊存在，而隻要人的欲望還存在，那麼萬能的許願機，就是讓人嚮往的東西。
無數間諜湧入冬木市，無論是來自世界各國的，還是魔術界的傢夥都有，間桐家沒有了老蟲子坐鎮，新任家主間桐鶴野很豪邁地把自家的魔術傳承，以及一些涉及聖杯令咒係統的知識給甩賣出去。
間桐家改變了財政情況，間桐慎二因此成為了富二代，卻是隨著父親間桐鶴野離開日本，去到歐洲某個小國定居。
。。。。
穿越是個很快的過程，眨眼間，布羅利就回到了萬帕星。
看著熟悉的山洞之家，布羅利有種恍如隔世的感覺。
離開前的蛛卵已經不見，想來是被他父親給吃了。
想到已經多天不見的老登父親，剛揍完其他世界老登父親的布羅利，竟覺得有些想念。
走出山洞，飛到一片曠野上，布羅利就開始提升自己的氣，附近因此颳起了一陣風暴。
風暴颳起沒多久，帶著戰鬥力探測器的帕拉伽斯，就從遠方的天際飛過來，在看到風暴中的男孩後，一下子就加快了飛行速度。
「布羅利，這些天你都去哪了？」
到了這邊後，帕拉伽斯有些激動問道。
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