然而，此時的明軍在盧象升、毛文龍的親自帶頭衝鋒下，如潮水般不斷湧入城中，索海率領的兵馬根本無法阻攔。
等豪格、濟爾哈朗等人趕到西城時，索海已被盧象升斬殺，此時又傳來東城、北城接連失守的消息。
豪格頓時亂了陣腳，濟爾哈朗見狀，直接下令全軍前往北城突圍，隨後架著豪格便朝北城行去。
城外的趙率教見湧入城中的明軍越來越多，對身旁的熊廷弼笑道：“熊總督，勞煩您在城外駐守，本將親自帶人入城。”
熊廷弼聞言點頭，隨後趙率教便與許顯純等將領親自進入城中。
入城後，趙率教立馬命許顯純尋找劉興祚的下落，一番搜尋後，終於在一處民房中找到了躲藏起來的劉興祚。
接著，趙率教直接下令，讓劉興祚與許顯純帶路，將城中所有漢人全部遷出城外交由熊廷弼集中看管。
至於剩下的建奴老弱，他也沒客氣，直接下令屠城。
當濟爾哈朗、豪格等人好不容易率領數千殘軍來到北城時，卻發現城門被石頭堵死。
濟爾哈朗見狀當場傻眼——他們本就做好了棄城逃生的準備，特意用石頭堵住東南西三門，唯獨留下北門以便逃生。
他當即大怒，厲聲問道：“怎麼回事？
城門為何被堵住了？”
身旁將領滿臉無奈：“回鄭親王的話，是肅親王下的令。”
聽到這話，濟爾哈朗滿臉不敢置信地看向豪格，此時的豪格早已失魂落魄。
濟爾哈朗苦笑道：“看來是天要亡我大清。”
隨即命人架起豪格，前往汗王宮打算死守。
此時的赫圖阿拉城內，明軍已經展開屠城行動。
在許顯純、劉興祚的指揮下，大隊明軍押解著城中殘餘漢軍與漢民前往城外，至於剩下的建州女真老弱，明軍毫不留情，一律斬殺。
一時之間，整個赫圖阿拉陷入一片哭喊，城內戰火滔天、血流成河，儼然成了修羅煉獄。
一直殺到第二天中午，除汗王宮之外，城內基本已被明軍屠戮的七七八八。
在劉興祚的帶領下，所有王公貝勒的府邸無一遺漏，就連努爾哈赤的大妃阿巴亥也在多爾袞府中被活捉，其他八旗將領及家眷也被擒獲大半，少數頑抗到底者皆被明軍斬殺殆儘。
隨後，趙率教親自領兵來到汗王宮外，看著打算死守的豪格等人，也沒客氣，直接命令士兵將宮外數千殘軍全部斬儘殺絕，後又命人拆毀房屋，將木材搬來圍住整個汗王宮，澆上火油點燃。
一時之間，汗王宮火光衝天，濟爾哈朗、希福等八旗將領見狀大驚，趕忙命人打水滅火，可他們滅火的速度哪裡比得上趙率教放火的速度？
大火燒了一天一夜，整個汗王宮化為一片廢墟。
之後，趙率教下令打掃戰場、搜捕漏網之魚。
經過一天搜尋，士兵在井中找到了豪格、濟爾哈朗等幾名八旗將領，其餘人大多已被燒成焦炭。
趙率教親自將這些人押往城外，又命士兵對城內漏網之魚進行二次清洗。
趕到城外時，熊廷弼、許顯純、劉興祚等人早已等候，看著滿臉殺氣、渾身血跡的趙率教，以及他身後押解的十幾人，眾人皆是滿臉震撼——這意味著城內其餘人已被屠戮一空。
趙率教冷聲問熊廷弼：“熊總督，先前協助建奴守城的漢軍及其老弱安排得如何了？”
熊廷弼回道：“本官已命人仔細盤問，將城內剩餘8000漢軍全部看押，老弱單獨看押。”
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趙率教點頭，隨即淡淡下令：“傳本將軍令，將那8000漢軍全部斬殺！”
聞聽此言，在場眾人臉色無不大變。
熊廷弼神情難看，卻未開口——這些人手持武器助紂為虐，雖有家眷被扣為人質的因素，卻也給明軍造成了不小的傷亡。
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