楊景辰、李標、來宗道、宋仲春六位閣臣圍坐案前，連夜票擬政令，筆尖劃過宣紙的沙沙聲，與窗外風雨聲交織，內閣屬官各司其職，筆尖不停、案牘不歇，全程緊繃心神推進政務。宋仲春伏案整理東林黨與皇商勾結的線索，將一份份名單整理成冊，準備天亮後交由吏部查辦，以此抗衡東林黨後續的清議發難。
與此同時，刑部大牢深處，陰暗潮濕的囚室中，東林黨魁首唐少撫倚著冰冷的石壁，指尖捏著一枚蠟丸密信，神色陰鷙。他出身唐太宗時期綿延至今的京城唐家，黨派門生遍布全國，雖身陷囹圄，卻依舊能通過買通的獄卒，遙控朝堂門生。
「去，把這封密信傳給戶科給事中吳甘來、刑部右侍郎周應祥，還有翰林院的東林門生，」唐少撫壓低聲音，將蠟丸塞進獄卒手中，語氣陰冷，「讓他們在朝堂上發難，就說朝廷苛待商賈、擾亂商貿根基，空談清流仁政，阻撓清查皇商，想方設法為八大皇商脫罪，絕不能讓西林黨借著此事，壓過我東林黨！」
獄卒領命，將蠟丸藏入衣領，悄無聲息地退出囚室。
六部衙門儘數點亮燈火，戶部尚書畢自嚴坐鎮戶部銀庫，帶著屬官翻查數十年的商稅帳目，算盤聲劈啪作響，算珠碰撞的聲響徹夜不停，按錦衣衛送來的暗帳，逐一核算皇商偷稅數額；李長庚親赴漕運總督衙門，調派兵丁封鎖運河全線碼頭，嚴禁任何船隻擅自通行；郭尚賓帶著吏員核查內帑，備好帳冊，隻待收繳贓銀。
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兵部、吏部、刑部同步行動，王永光主持吏部，下令各地布政使、按察使，即刻羈押包庇皇商的地方官吏，重點查辦東林黨地方門生；蘇茂相坐鎮刑部大堂，備好刑具與案卷，卻被東林黨籍的周應祥屢次以「律法不合」阻撓，雙方僵持不下；薛鳳翔、周士樸、劉遵憲調遣工部屬官，查封皇商勾結的官辦工坊，核查物資流向，徹底切斷皇商的物資供給鏈條。
五軍都督府內，中軍都督李守錡統轄京畿衛所，兵丁全副武裝，駐守皇城與京城要害，嚴防皇商私兵作亂；前軍都督劉孔和、鄭芝豹調遣沿海水師，封鎖福建、廣東沿海港口，嚴查出海船隻，堵死閩商、粵商的海上退路；後軍都督宋裕德、薑瓖駐守宣大邊關，配合邊軍與錦衣衛茶馬偵緝千戶所，嚴查邊關走私，截獲晉商私運精鐵三萬餘斤。
六科給事中陣營分明，西林黨籍給事中緊盯清查全程，封駁東林黨官吏的違規阻撓，戶科熊開元被東林黨裹挾，試圖以「國庫收納過急」為由拖延，被西林黨吏科都給事中劉漢儒當場拿出其收受皇商賄賂的證據，當堂駁斥，啞口無言。
而這場行動的尖刀，始終是錦衣衛一萬二千男女雙衛。
風雨之中，錦衣衛男衛校尉、力士身著勁裝，冒雨奔赴京城各大皇商票號、糧倉、碼頭，手持令牌，封鎖所有出入口，嚴禁任何人進出、轉移物資。北鎮撫司男千戶周虎，親自帶隊圍堵晉商、閩商在京的總號，兵丁環列，繡春刀出鞘，寒光映著雨水，晉商總會首範永鬥的私兵試圖持刀反抗，當場被錦衣衛製服，十餘名帶頭反抗者被當即拿下，押入詔獄。
南鎮撫司男千戶趙山，帶著男衛蹲守在皇商府邸外圍，盯緊每一個進出之人，截取往來書信，斷絕皇商內外勾結的可能，當場截獲閩商寫給海寇的密信三封，坐實其勾結匪類的罪狀。
與此同時，沈清禾率領女衛，化身侍女、針線婦人、商販，悄無聲息地潛入八大皇商的府邸內宅、宗族帳房、地下密庫。女衛校尉心思縝密，身手靈動，避開府內護院，潛入隱秘帳房，從暗格、夾層中取出一本本加密暗帳，又在密室中找到私通後金、勾結海寇的密信，交由密信文簿千戶所的女吏，連夜破譯、謄寫、核驗。
倉糧核查千戶所的女衛，逐一清點皇商的地下糧倉、私藏布庫，將囤積的糧米、棉布、藥材數量，一一登記造冊，僅晉商範家一處，就查出隱秘糧倉七座，存糧達二十三萬石；軍藥核驗千戶所的女衛，專門核查私藏的軍資藥材，區分民用與軍用，坐實皇商私藏軍資、哄抬藥價的罪狀；內宅偵訪千戶所的女衛，與皇商家眷、僕役周旋，套取口供，佐證暗帳與密信內容，每一條線索、每一份證據，都經男女千戶聯合簽字，蓋上鎮撫司印信，鐵證如山。
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