朱由校充分利用他那前所未有的威望以及救世主的身份，在身體狀況稍有起色之後，毫不猶豫地以雷霆萬鈞之勢推行了他精心籌備已久的全麵改革計劃。
在政治領域，巧妙地借助清算白蓮教以及朝中那些與白蓮教暗通款曲之人的契機，對吏治進行了一次徹底的整頓。楊漣以其鐵麵無私的態度，毫不留情地將一大批庸官和貪官拉下馬，使得官場風氣為之一新。
與此同時，正式下達旨意，確立“格物學”與經學具有同等重要的地位，並將其納入科舉選官的範疇。為了推廣這一學科，他下令在全國各地興辦格物學堂，培養更多精通格物學的人才。
在軍事方麵，對京營進行了改組，全麵換裝了經過改良的火器，以提升軍隊的戰鬥力。此外，他還設立了“講武堂”，專門用於培養新式軍官，為軍隊注入新的活力。
值得一提的是，在駱思恭的“內廠”基礎上，整合各方資源，成立了一個直屬皇帝的特殊機構——“欽天監·異聞司”。這個機構由徐光啟兼任領導，其職責是專門研究、監控和應對一切超自然現象以及可能對國家造成威脅的事物。宋應星等格物院的骨乾成員也成為了這個機構的中堅力量。
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在經濟與農業方麵，“經特衙”的權力得到了進一步的鞏固和加強。這使得他們能夠更有效地推動番薯、玉米等新作物的廣泛推廣。官府不僅提供了優質的種子，還派遣專業的技術人員進行指導，以確保這些新作物能夠在各地順利種植。經過一段時間的努力，這些新作物的推廣取得了顯著的成效，糧食產量大幅增加，為國家的穩定和發展提供了堅實的基礎。
與此同時，政府還對鹽政和漕運進行了改革，以提高效率和降低成本。此外，為了穩定物價，政府還嘗試發行銀元，這一舉措在一定程度上緩解了通貨膨脹的壓力。
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