個獨立部分，一個線程被指定為進程的基本線程，進程也能創造一個未定數目的額外線程，額外線程實際數目，僅由可利用的係統資源限定。
WindowsCE利用基於優先級的時間片演算法以安排線程的執行，WindowsCE支持八個不同的優先級，由0到7，0代表最高級，它在頭文件Winbasw.h中定義。
優先級描述
0關鍵進程所使用的優先級，是最高級別，相當於Windows裡的Ring0
1最高線程優先級，比0級優先級低
2高於通常的線程優先級，常為較底層的進程所使用
3通常線程優先級，比較基礎
4低於常規線程優先級，有時候會被後台線程用到
5最低線程優先級
6高於IDLE的線程優先級
7最低級別的線程優先級
級別0和1通常做為實時過程和設備驅動器，級別2-4做為線程和通常功能，級別5-7做為是低於其它功能級別，注意級別6是目前狀態並有穩定聯接。
類似於Windows，擁有高級優先權的線程安排優先運行，而同一優先級的線程會以循環優先先級方式運行，即每個線程接受定製的時間或時間片，定量時間默認值為25毫秒(WindowsCE2.0支持在MIPS平台更改定量時間)。較低優先權的線程，要直到較高級線程完成之後再運行，也即直到他們或者放棄或停止。一個重要的例外是最高優先級的線程(級別0，關鍵時間優先級)不與其它的線程共享時間片，這些線程連續執行直到他們完成。不象其它的Windows操作係統，WindowsCE是固定的，不能改變。它不匹配這基於引進優先級的中斷，他們能夠暫時改動，但僅能通過WindowsCE內核以避免所謂的的“優先權倒置”。
優先權倒置指的是當它們同時競爭同一資源時，低優先級的線程，阻礙了高優先權線程對資源的利用。為了改正這種局麵並解放較高優先權的線程，WindowsCE允許低級優先權繼承，嚴格的線程優先權，並且運行較高優先級直到它釋放所用資源。
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例如，如果一個線程在最高優先權運行試圖蕕取由低級優先權占有的互斥體，低級優先權的線程變成高級優先權，並且運行直到它釋放互斥體。優先權倒置適用於係統的所有線程。例如，甚至在優先級別1運行的內核線程能轉成級別0，如果優先級0線程運行內存分頁代碼，將引起塊失誤。
基於優先級的多任務設計，保證運行在最低級的線程在一個預所知時間段執行。本論文在後麵討論設定響應，對於指定的平台和公式，並由其它的平台獲取數字。在DAK和SDK的工具，顯示了線程狀態和優先級別，並描繪指定實時係統操作輪廓。
線程同步
實時係統必須保證進程和線程同步，例如，如果實時應用的一部分在另一部分獲得最多當前數據前即完成，此應用的管理進程可能不穩定，同步將確保在應用線程間交換正確。
如同其它的Windows操作係統一樣，WindowsCE為線程同步提供了一個豐富的“等待對象”，這包括關鍵部門、事件、互斥體，些等待對象，允許一個線程減緩它的運行並且等待直到指定事件發生。
WindowsCE將互斥體、關鍵部分、事件請求按“先入先出，優先級（FIFO）”順序排列：不同的先入先出順序序列定義成八個不同的優先級，在給定的優稱級的線程請求，將被放在優先級列表末尾，當優先級倒置出現時，調度程序調整這些序列。
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