ory係統翻修以及FreeBSDPortssystem的發明。前者對於高負荷的係統最佳化，後者則是建立了一套簡單且強大的機製維護第三方軟件。有不少大型站台都使用FreeBSD，（一個巨大的軟件收集站台），Hotmail以及Yahoo。
FreeBSD3.0則引入了ELFbinary格式，並開始支援多CPU係統（SMP，Symmetricmultiprocessing）以及64位元Alpha平台。3.x對於係統做了非常多的改革，這些措施在當時並沒有帶來好處，但卻是4.X成功的基石。
FreeBSD5
最後一個版本的FreeBSD5是5.5，是在2006年五月發行的。
在FreeBSD4的SMP架構下，在同一時間內隻允許一個CPU進入核心（即GiantLock），FreeBSD5最大的改變在於改善底層核心Locking機製，審視並改寫核心程式碼，使得不同的CPU可以同時進入係統核心，藉以增加效率。
另外一個重大的改變在於自5.3開始支援m:n執行緒的KSE（KernelScheduledEntities），表示m個使用者執行緒共享n個核心執行緒的模式。
這個版本的許多貢獻是由於商業化版本的BSDOS團隊的支援。
FreeBSD6
FreeBSD6為目前的-STABLE發展版本，FreeBSD6.3在2008年1月18日發行，這個版本主要針對軟件的更新，並加入lagg（可以對多張網卡操作）的支援，並引入重新改寫的unionfs。
FreeBSD7
FreeBSD7為目前第二個-STABLE發展版本，在2007年6月19日進入發行程序，2008年2月27日7.0-RELEASE正式發布。新增的功能包括了：
*SCTP（實做完成）
*日誌式UFS檔案係統：gjournal（實做完成）
*移植升陽所發展的DTrace（實做完成，但還未交付至CVS）
*移植升陽所發展的ZFS檔案係統（實做完成）
*使用GCC4（移植完成，目前為4.2.1）
*對ARM與MIPS平台的支援
*重寫過的USBstack（實做完成，但還未交付至CVS）
*Scalableconcurrentmalloc實做（已經可以使用）
*ULE排程表2.0（SCHED_ULE）（實做完成），並修改加強為SCHED_SMP（實做完成），在交付至CVS時的正式名稱為ULE3.0，這個版本在8核心的機器上以sysbenchMySQL測試的結果，速度上比Linux2.6快大約10%（無論是使用Google的tcmalloc或是glibc+cfs）
*Linux2.6模擬層（已經可以使用）
*CamelliaBlockCipher（實做完成）
FreeBSD7.3
FreeBSD7.3發布下載了，在經曆了2個FreeBSD7.3RC版本之後本次迎來的是FreeBSD7.3正式版。FreeBSD7.3目前是FreeBSD7係列的最新最穩定的版本。
FreeBSD7.3主要包括如下改進：FreeBSD7.3升級Gnome到Gnome2.28.2
FreeBSD7.3升級KDE到KDE4.3.5
FreeBSD7.3升級Perl到Perl5.10
FreeBSD7.3升級bind到bind9.4-ESV
FreeBSD7.3升級了ZFS到ZFS13
FreeBSD7.3使用了新的gptzfsboot作為bootloader,目前支持GPT和在ZFS
FreeBSD7.3改進了內核接口hwpmc(4)，以支持最新的Core2\/i7處理器
FreeBSD7.3使用了mfiutil和mptutil作為RAID控製器
FreeBSD8
2009年11月27日發布，增加如下新特性：
*虛擬化方麵：XenDOM-U、VirtualBoxguest及host支持、層次式jail。
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