種輻射源實施近實時乾擾。
ALQ-161基本上是一個無源偵聽係統，隻有在絕對必要的情況下，它才會采取主動乾擾措施。采取這種工作方式，可以保證判斷的正確性。這一判斷可由計算機程序根據技術情報信號做出，也可由防禦係統軍官做出。如果當時的戰場環境證明必要的話，防禦係統軍官可以對計算機程序實施操控，即繞開計算機程序實施手控，以便延遲施放電子乾擾，儘量降低虛警率。
當B-1B上的天線感受到敵方雷達輻射後，就將基本數據傳送至指揮儀和頻率接收機。然後頻率接收機對輻射源進行定位，並由計算機分析出其頻率數據，包括正在跟蹤的雷達脈衝順序及波形，根據這些數據再識別出敵方輻射源並確定威脅程度。近實時的處理過程是通過6個數據總線來完成的，這些數據總線又從安裝在兩個黑盒電子設備內的9個“乾擾邏輯分配單元”高速計算機上，獲得所需信息。這兩個黑盒電子設備分別稱為“乾擾邏輯 A”和“乾擾邏輯 B”。整個係統由一部IBM公司的AP-10lF 計算機控製。
速度和協調是ALQ-161 係統的關鍵。對於B-1B 來說，不可能攜帶大量乾擾機去同時對付敵方多部雷達，它的電子對抗措施是在分時基礎上，首先對威脅最大的目標實施乾擾。為節約能量，隻要有可能，實施乾擾的帶寬總是儘可能窄，而且從一個輻射源跳躍至另一個輻射源的時間都在毫秒以內，這樣可以儘可能多地覆蓋敵方輻射源。乾擾機能同時處理的發射體的數量是相當驚人的，它跨越了很大的頻率範圍。係統的工作方式相當靈活，即使乾擾機處於繁忙的工作中，探測子係統也可在探測新目標的同時，對舊信號持續監控，哪怕乾擾機此時也處於同樣的工作頻段。在對抗威脅雷達時，ALQ-161的天線指向、調頻及激發等都達到了最優化。如果一部有威脅的雷達停止了輻射，直接用於對抗它的乾擾機就會自動停止工作。
防禦係統軍官坐在兩台陰極射線顯示器前。其中一部顯示器是傳統的平麵位置顯示器，可顯示飛機及在威脅輻射背景下的飛行航線。另一部顯示器則可顯示戰場環境的全景式頻譜掃調畫麵，而且還帶有輻射源的詳細資料。另外，還可通過一個指示器，進一步顯示任何感興趣區域的更多細節，並且還可同時顯示出所有這些輻射源的特性清單，以及多達5種對抗模式。如有必要，防禦係統操作軍官（DSO）可使用鍵盤介入係統，對ALQ-161正在自動實施的工作進行修正。
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在B-1B上也裝有箔條和紅外乾擾彈，用於實施無源對抗。箔條和紅外乾擾彈安裝在機體上部座艙之後，成兩排布置。在發射時，一般都是箔條和紅外乾擾彈一起發射，發射過程由ALQ-161自動控製或由防禦係統軍官實施手動控製。
ALQ-161的監控網絡——“狀態評估和測試”也很有特色，它和CITS鏈接在一起。該係統出現的任何破壞或故障，都可由CITS的AP-101F計算機通過數據總線將故障部件並聯起來，以保持整體的電子對抗能力。
在第四架B-1A原型機機身上部，采用了維形骨架，從座艙後部一直延伸到垂尾根部。在維形骨架裡麵，裝有“鬥雞眼”試驗性單脈衝雷達乾擾係統。但在B-1B上，並沒有安裝該係統。B-1B安裝了一部西屋公司的ALQ-153尾部告警雷達，對來自尾部的飛機和導彈實施逼近告警。
機載武器
B-1B的機載武器是其強大威懾力的基礎。服役之初，B-1B機載航空核炸彈的主力是B-83 ，也可能是B-61，另外， B-28和B-43也在掛載之列。B-83核炸彈重約1092千克，百萬噸當量，引信可設定為空中或地麵爆炸，炸彈投放高度為46～15240米，采用降落傘減速。B-61核炸彈相對來說小一些，重約363千克，當量為l萬～50萬噸。
60年代，波音公司開始研製ACM - 69 “短程攻擊導彈” （SRAM），它采用火箭發動機，是一種防空壓製武器。根據載機飛行速度和高度的不同，AGM-69的最大速度M2.8～3.2，射程56-169千米。1985年，開始考慮為B-1B發展新一代“短程攻擊導彈”，即SRAM II。SRAM II的外形尺寸小於AGM-69，仍然采用火箭發動機。
AGM-86B“空射巡航導彈”（ALCM）是波音公司的另一款產品。ACM-86B對B-1A計劃的取消也有一定“責任”。當時認為，通過從B-52之類的平台上發射AGM-86B，可在防區外實施低空突擊，從而可取代B-1A。AGM-86B采用噴氣發動機.最大速度805千米\/小時，最大射程2500千米，核彈頭當量20萬噸。它采用慣導＋數字景像地形匹配製導方式，沿地麵一定高度貼地飛行，采用低空亞音速突防。
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