學時盲目地報了專業，結果在自己並不喜歡的專業裡學習數年，畢業後學無所用的現象。蔣夢麟的美國導師杜威倡導的教育理念強調個性的發展，這一點在蔣夢麟身上體現的淋漓儘致。北大新學製的製定，是杜威教育理論當年在中國廣泛傳播的直接影響之一。
蔣夢麟接手北大時，學校財務十分困難。蔣夢麟曾在北京大學全體大會上說：“本校最困難的問題，是校款不能按期領到。因經費不按時來，實行預算甚為困難。移甲補乙，移乙補丙……去年有一個建築公司，我們欠他一筆巨款，屢次向我們來討，每天來一次。到了中秋節，我就逃到西山去，不敢見他們。”北大成立25周年紀念日時，北大學生籌備大慶，蔣夢麟因北大校方囊中羞澀，不得不寫信給學生潑冷水：“政府視教育如無物，經費積欠已九閱月餘，學校勢將破產。機關之日常生活，尚虞不給；教職員勉力維持，已久苦枵腹；慶祝事項，在在需款，將從何出？”
由於經費拮據，學校經常拖欠教師的工資，為了養家，這些名教授們往往四處兼課，補貼家用。蔡元培曾經倡導的評議會，此時在某種程度上也已成了借民主謀私利的地方。為了自己的“飯碗”穩定，評議會曾通過一個決議案，規定“辭退教授需經評議會通過”。這就相當於為自己不被辭退上了一道護身符。目睹了評議會建立、發展、蛻變的蔣夢麟對原有的教授評議體製做了調整。蔣夢麟曾這樣說：“我在大學中搞了幾十年，經過許多風潮，發現了一個規律：一個大學中有三派勢力，一派是校長，一派是教授，一派是學生，在這三派勢力中，如果有兩派聯合起來反對第三派，第三派必然要失敗。”所以，蔣夢麟在北大非常注意平衡各方麵的力量，決不給任何兩派聯合起來的機會，以保持公平、公正。
最大的變化在於，把學術和事務劃分開來，強調層層分工，各司其職，校長的權限有所增強。他明確提出“教授治學，學生求學，職員治事，校長治校”的方針。他曾經一手創辦的評議會被取消，改設校務會議為學校最高權力機關。針對教授兼職過多的現象，他實行教授專任製度，提高專任教授待遇，規定在他校兼課者薪金較專任者少，兼課時數較多者，則改為講師。同時改變過去教授第二年續聘後無任期限製的辦法，規定新教授初聘訂約一年，續聘訂約二年。
在這段時間，一批舊教授離開了北大，如著名史學家、時任北大曆史係主任的朱希祖，國文係教授林損、許之衡等被解聘。林損的被解聘當時鬨得沸沸揚揚，林損寫信大罵蔣夢麟和胡適，後來還把此事張揚到媒體，成為北大的一段“公案”。從“教授治校”到“校長治校”，再加上辭舊聘新，打破終身教授，蔣夢麟被一些北大教授批評為“門戶之見”，甚至“獨裁”。蔣夢麟重掌北大，確實是把校長的權力用得淋漓儘致，但他受過西方民主訓練，骨子裡有民主意識。正是這原因，雖然是校長治校，但沒有走向校長獨裁，他建立的是一個有效率的行政體製。
蔣夢麟公事公辦，不徇私情，私下裡卻十分風趣幽默，而且很謙虛。初到北大時因為與陳獨秀脾氣極相投，兩個人走動的很頻繁。蔣夢麟常對陳獨秀說：“我們兩個人，有一個相同的習慣，在參加筵席宴會的時候，一坐下來，我們總愛把冷盤或第一、二道菜儘量地吃，等到好菜來時，我們吃飽了，所以大家說笑話，稱我們這兩個急性子‘同病相憐’。”
蔣夢麟是秀才，陳獨秀也是秀才。清朝時秀才有兩種，一種是考八股時進的秀才，稱為八股秀才；後來八股廢掉了，改考策論，這一種便稱為策論秀才。這種秀才已經有幾分洋氣了，沒有八股秀才值錢。有一次陳獨秀問蔣夢麟：“唉！你這個秀才是什麼秀才？”
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