家、多羅尾家進行牽製、封鎖，以免藤林家、多羅尾家將上杉家的大軍引入甲賀郡；另一方麵，他們還對先前倒向上杉家一方的家中重臣、旗下國人領主進行調略寢反。
其中，真光寺住持真光寺周揚（池田景雄之父）、山崎城城主山崎片家之父山崎宗家、久德城城主久德實時、肥田城城主高野瀨秀隆、平井城城主平井定武、福島城城主平野土佐守、北裡城城主高畠源十郎、太尾城城主宮木賢祐（宮木重祐之子）、布施山城城主布施公保、星之崎城城主鏡兵部少輔、蒲生家家老河井利康等人先後被六角承禎、六角義治父子所調略。
而上杉清定在發兵西進之前，為了鞏固南近江諸郡的統治，以及確保己方的糧道和退路，便安排和賀義明進駐市三宅城，稗貫義時進駐上鉤寺（永正寺，原第六代室町殿足利義尚本陣），木曾義康進駐穀城，大崎義直進駐山田城，葛西晴信進駐矢島城······
但清定還是低估了六角家、仁木家僅剩且殘存的人望。
原本，六角承禎是準備坐等上杉家與足利將軍家、京兆細川家、三好家在山城打個兩敗俱傷後，自己坐收漁翁之利，還能伺機重返原先的本據觀音寺城。
可是，隨著偽朝一方的形勢不斷惡化，使得六角承禎不得不放棄這個打算。
而後，在仁木義視、三雲定持（三雲成持之父）、三井治秀、望月吉棟、山中俊好、百地三太夫、森田浄雲、植田光次、野村孫太夫、町井貞信、福喜多將監、石部家清、黑川修理進、佐治河內守、岩室大學助、高峰藏人、土山鹿之助、伴五兵衛、上野主膳正、高羽左兵衛（上野之左）等甲賀、伊賀諸將的支持下，六角義賢、六角義治父子成功聚集起一支八千餘規模的軍勢，對外號稱兩萬大軍，並煽動犬上郡、蒲生郡、愛智郡、神崎郡、野洲郡、栗太郡等南近江諸郡發起一揆反抗上杉家的統治。同時，六角·仁木聯軍還出兵渡過野洲川，將本陣設置在野洲川北岸的不遠處的菩提寺城之中。
此次，六角承禎、仁木義視二人是下了血本，將僅剩的財物都散發出去，不僅召集了鄉士、退隱老臣、地頭武士、旗下國人領主，還招募了大量浪人、山伏，就為了一舉切斷以上杉軍為主的官軍主力退路以及糧道，讓官軍主力陷入首尾難以兼顧的窘境之中。
於是，六角承禎、仁木義視二人便發揮出麾下軍勢熟悉地理，且大都由忍者、鄉士組成，意圖扼住官軍主力的咽喉。他們頻繁派遣一組又一組的甲賀眾、伊賀眾去襲擾駐紮在市三宅城、上鉤寺、穀城、永原城、岩倉城、山田城、矢島城等地的守軍，還專門挑上杉軍的軟肋下手——小荷馱隊、糧藏、各種府庫等。
不僅如此，六角·仁木聯軍麾下的甲賀眾、伊賀眾還趁著夜色的掩護，潛入市三宅城、上鉤寺、穀城、永原城、岩倉城、山田城、矢島城等地縱火，將這些城池兵砦的長屋、柵欄、逆茂木等諸多設施焚毀，而後又大搞夜襲，鬧得南近江諸郡各地的上杉軍是人心惶惶、士氣低落。以至於南近江諸郡之中的上杉家守軍都不敢輕易出城，生怕哪天自己前腳出了城，後腳就成為失蹤人口。
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這就好像有一群蒼蠅，在留守在上杉軍諸將耳朵邊上不停的嗡嗡作響，搞得眾人是心煩意亂。可謂是飯也吃不好，覺也睡不香。
最為氣人的是，留守的上杉軍諸將對這群來無影、去無蹤，且神出鬼沒的六角·仁木聯軍麾下甲賀眾、伊賀眾是毫無辦法。
若是發兵追擊、搜索，就有可能出現敵軍趁虛而入的情況。若是投鼠忌器，那麼負責留守的上杉軍將會被六角·仁木聯軍切斷與外界的一切聯繫，最終被困死。
留守於觀音寺城的上杉定虎在獲知六角·仁木聯軍北上，且煽動了南近江諸郡爆發國人一揆的消息後，並沒有立即率本部軍勢從觀音寺城出陣彈壓，反而是選擇堅守不出。
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