教，其中就包括後來溝通東西文化的標誌性人物，「泰西儒士」利瑪竇（Matteo Ricci）。
當然，與本土文化的聯繫也產生一些問題。比如前麵曾提及：沙勿略傳教初期，彌次郎以「大日」翻譯天主教中的God（Deus），效果雖好，卻屬誤譯。普通日本人以為沙勿略的神和佛陀是一回事，佛門真言宗勢力甚至歡迎他前來傳教。沙勿略後來以Deusu來音譯拉丁文Deus（神）一詞，人們才知道他所說的非但和真言宗半點關係沒有，還和佛寺爭奪信眾和政治資源。這自然遭到僧侶們的強烈抵製，他們說Deusu其實就是daiuso（大謊言）。
這種矛盾其實有正反兩麵。失去部分精英層的支持，當然會對天主教傳播構成障礙，但另一方麵也讓不少反佛教人士更願接受新宗教。沙勿略在給耶穌會的信中，花了很大篇幅描寫僧侶的墮落、日本平民的不滿，說那些在山口受洗的基督徒很熱衷揭露和尚們的「把戲和騙局」。這種情形頗有些像早期文藝復興時，歐洲知識分子對羅馬教會的嘲諷。
而與佛教劃清界限，反倒為天主教立足於動盪的日本戰國時代，贏得了一定空間。首先，日本佛門宗派和政治集團相互糾纏，深度介入權鬥，尾大不掉，所以戰國後期的幾位霸主：織田信長、豐臣秀吉和德川家康，都曾不同程度地對反對佛教的天主教持寬容態度。曾火燒比叡山延曆寺的織田信長，尤其痛恨佛寺插手政治，和耶穌會士們（特別是範禮安）頗有往來。另外，一些大名受洗之後，其宗教思想趨於極端，對佛教大加清洗迫害。典型的如大村純忠，就禁絕域內的佛寺神社，甚至殺害僧侶和拒絕改宗的平民。
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