在上條家結束評定，以及八條憲繁、八條能重二人開始在南魚沼郡的芝原峠、威守鬆山兩地築城後不久，花倉之亂結束的消息也傳到了阪戶城中。
這場爭奪今川家家督之位內訌以梅嶽承芳一方獲得了勝利，並還俗更名為今川義元。
今川家重臣岡部親綱率軍攻落了玄廣惠探一方的方上城。福島正成最後力不能支，最後與玄廣惠探等人隻能放棄了花倉城而逃亡。
天文五年，六月二十八日。
玄廣惠探由於無法擺脫追兵追擊，被迫於瀨戶穀普門寺自盡，福島正成則下落不明（大概率遭到落武者狩），福島正成的兩個兒子倒是僥倖逃到了北條領，後更名為北條綱成和北條綱房，就此成為北條家的一員。
在平定了花倉之亂後，今川義元在太原雪齋、壽桂尼的協助下逐步坐穩了家督之位。
之後，武田家嫡子武田晴信還在今川義元之母壽桂尼的介紹下，迎娶了清華家之一的轉法輪三條氏之女三條之方為正室。使得今川家與武田家之間的關係迅速升溫。 【記住本站域名 伴你閒，.超貼心 】
而此時的越後，經越後守護上杉定實的從中斡旋調停之下，府中長尾家與上條家正式達成停戰議和，雙方於刈羽郡的實相寺中互換了誓書。同時，上杉定實與長尾晴景還赦免了上條清定攻滅上田長尾家一事，對此不做任何追究。
不過，長尾晴景因赦免上條家攻滅上田長尾家一事也導致了古誌長尾家、下田長尾家、飯野長尾家、藏王堂長尾家等諸多同族的不滿。
不論怎麼說，上田長尾家也是因自身倒向府中長尾家一方而導致被上條家攻擊的，府中長尾家在戰後既沒有選擇追究上條家的責任，又沒有打算恢復上田長尾家的家名，這就讓越後七郡的諸多長尾庶子家都為此感到追隨府中長尾家會導致自家的前途堪憂。
北條城城主北條高廣、板木城城主發智長芳、須川城城主金子尚綱、六萬騎城城主福島政為、樺澤城城主栗林賴忠、浦澤城城主大關親信、稗生城城主平子房政、小出城城主榆井治部少輔、誌久見城城主市河賴房（市川賴房）等大大小小的國人領主分分選擇向上條家遞交誓書和人質，使得上條家的政治版圖瞬間膨脹至幾乎占有刈羽郡、魚沼郡兩郡以及奧信濃高井郡一部。
之所以北條高廣、發智長芳、金子尚綱、福島政為、栗林賴忠、市河賴房等國人領主會選擇順勢倒向上條家一方，就是因為看出了府中長尾家如今已是外強中乾，連自家同族被攻滅了都無動於衷，就更別說確保他們這些國人領主的利益了。
可以說主從關係是以利益為紐帶的。主從結合同時也是利益的結合，首先始於物質報償。
平安時期武士的關係，基於土地的、經濟的關係之上，即基於生活的關係。而所謂主從關係，其實就是主君與從者之間「恩惠」與「效忠」的交換關係。
主人給予從者土地，並為從者提供保護;從者效忠和服從主家，平時為主家盡各種義務，戰時應主君之召從事戰鬥。當然，若是主君不能滿足從者的利益需要，不能保證從者的生命財產安全，從者便會拋棄主君。反之，若是從者對主君不忠，不能履行應盡的義務，主君則會對其進行懲處，如收回「恩地」，甚至將其從武士團中清除出去。
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