他立刻取消了所有的考察計劃，以最快的速度趕回了國內。一回到上海，他就召集國民黨的核心乾部開會。在會上，他一改往日的溫和，態度異常強硬。
“各位同誌，事實已經很清楚了！袁世凱就是殺害遁初（宋教仁的字）的元凶！他已經撕毀了約法，背叛了共和！我們不能再對他抱有任何幻想了！除了武力反抗，我們別無選擇！”孫中山拍著桌子，慷慨激昂地說道。
然而，與會的黃興等人，卻顯得有些猶豫。他們認為，現在證據還不確鑿，應該先通過法律途徑來解決，把袁世凱告上法庭。
孫中山聽了，氣得直搖頭：“法律？在槍杆子麵前，法律有什麼用？袁世凱掌握著全國的軍隊和警察，你指望他的法庭來審判他自己嗎？糊塗啊！”
最終，在孫中山的堅持下，國民黨決定發動武裝起義，武力討伐袁世凱。這場戰爭，在曆史上被稱為“二次革命”。
然而，孫中山可以迅速地從一個鐵路建設者，轉變為一個武裝鬥爭的領導者，但整個國民黨，卻早已在過去一年的和平歲月裡，變得麻痹和鬆懈了。倉促之間發動的起義，準備不足，各自為戰，很快就被準備充分、實力強大的北洋軍，逐個擊破。
“二次革命”在短短兩個月內就宣告失敗。孫中山再次成了被通緝的“亂黨”，不得不再次流亡海外。
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