親衛營兵額三千外，其餘四營兵額都是五千人，五營兵員合兩萬五千人，統一由總督府依照花名冊撥付給各營監軍，再由監軍領人在校場上發餉到具體的士兵，直接跳過中間的將領，免去盤剝。
此外，除設置監軍以監督將領思想動態外，另設有監紀一員，受監軍領導，下領軍法官若乾，專司營中各級將領軍紀一事，都司以下都可抓捕，都司以上、副總兵以下需要報監軍批準，至於總兵、副總兵，無總督府的命令，不可抓捕。
而從野戰營兵淘汰下來的兵士有兩個去處，一是地方巡撫的撫標營或經理陳子龍的經理營，二是直屬於總督府的屯田營。
理順了自己手中可動用的軍事力量，朱由梓便可以安排防區。
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現如今朱由梓麵臨的威脅，一是南京方向隨時將會撲來的多鐸部，二是陷入困地的杭州博洛部。
當務之急是配合杭州方麵明軍，圍剿博洛部。
於是朱由梓作出如下部署：
由吳誌葵所領吳淞水師營、魯之嶼所領鬆江營，一共萬人協助陳子龍、夏允彝駐守蘇州，抵禦南京來援李率泰、土國寶部。
自己親率金山、江南、親衛三營，進駐崇德縣，與杭州方、王、鄭三部圍攻塘棲博洛部。
同時，為了徹底斷絕博洛部清軍的生路，朱由梓呈文杭州請求調動督師湖州的朱大典部移軍德清縣，從西北方向，配合東北方的崇德朱由梓部、南方的杭州本部，三麵圍死駐守塘棲的博洛部清軍。
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