多爾袞的猜測在多鐸從前線送回來的折子裡得到了驗證，多爾袞立即傳召滿族的王公大臣們進行商討，眾王們一致同意撤軍，這段時間他們的府庫都已經堆滿了從前線運回來的金銀財寶，家裡的包衣奴才們已經成群了，打這場仗的目的他們已經達成，所以再打下去的欲望也沒有了，在得到眾王和大臣們的一致意見後，多爾袞隨即詔令阿濟格和多鐸除在前線部署少量滿洲部隊外，其餘滿漢八旗著即班師回朝。
在做好決定後，滿清政權顯示出了他作為一個新興政權高效的行政效率，七月初十這天，多鐸就已經收到了多爾袞發來的撤軍之令，他再不耽誤，隨即召集諸將發布撤軍令，並安排好諸將行軍序次和路線。此次班師回京的都是滿漢八旗，綠營不在其中，多鐸下令安徽、湖北、江蘇綠營諸部在滿漢八旗大軍撤走後，回師屬地，各司其職，嚴守防區；
多鐸還在南京建立滿城，並於滿城內部署了一個正藍旗甲喇一千五百人，在多鐸看來這一千五百人足可以抵五萬綠營兵，這是長久以來征戰得出來的自信，要知道他們真滿洲打明軍和順軍可是能以一敵百。
被留下來的甲喇章京叫百山，曾經是豪格的戈什哈，他對多鐸的這個決定很不高興，其他人都能回北京了，唯獨他們這一甲喇不能回，這不是把他們正藍旗當後娘養的嗎？
雖然很不滿，但是他也不敢反對，這是多鐸下達的軍令，你敢反對，他就敢砍了你，他們正藍旗受豪格失勢的影響，向來在八旗內受欺負，若是被多鐸借抗拒軍令的由頭，將自己砍了可沒有人來說情。
軍令既下，諸軍遂按照安排進行了回師的準備，他們高興著收拾行裝、整理軍備，就連往日裡讓人叫苦不迭的炎熱高溫都仿佛消失了一般。
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七月十五，大軍正式班師回朝，滿清大軍浩浩蕩蕩的撤回了長江淮河以北，這支龐大的軍隊猶如一條巨龍，蜿蜒前行，氣勢磅礴。
而遠在河南的阿濟格大軍也如同多鐸大軍一樣，除了派遣平西王吳三桂的漢軍旗繼續征討四川張獻忠大西軍外，其餘各部全部班師回京。
到八月十日，最先返回京師的是多鐸的東南大軍，多爾袞對多鐸大軍給與了極大的榮耀，多爾袞帶著福臨小皇帝，親自率領群臣出城十裡迎接，道路兩旁跪滿了來給大軍捧人場的京師百姓，滿洲大兵們騎著高頭大馬趾高氣揚地走過，旗幟飄揚，刀槍盔甲在陽光下閃爍著刺眼的光芒，向兩旁的百姓們炫耀著清軍的赫赫武功，令百姓們不敢抬頭直視。
多爾袞在群臣簇擁下，高興地迎接著多鐸，多鐸和其麾下將領隔老遠就看見了攝政王，他們可不敢騎著大馬來接受多爾袞的迎接（敢騎著大馬讓皇帝迎接的應該隻有年大將軍），多鐸等人全部下馬跪謝攝政王多爾袞的禮遇。
多鐸被多爾袞扶起後，向攝政王和皇帝獻上了他們最大的禮物——弘光皇帝朱由崧。一輛囚車上，朱由崧蓬頭垢麵的蜷縮在角落裡，再也沒有了往日作為皇帝的尊嚴和權勢，此刻他如同砧板上的魚肉，任人宰割。
小皇帝福臨今天興致很高，他看見囚車上的朱由崧後，興奮的向攝政王多爾袞問道那是誰，多爾袞威嚴的聲音中帶有一絲得意，他很喜歡這個禮物，多爾袞向小福臨回答道：“那是我大清的手下敗將”。
隨後又指著朱由崧教訓順治道：“福臨，你若是不用心治國，也將是他的下場”，聽了這話，小福臨的興致頓無。
隨後多爾袞下令多鐸全軍大哺三天，並對有功將士一一銓敘功勞，多鐸等將領磕頭謝恩。
隨著滿清兩路大軍的撤軍，激戰一年的長江黃河兩岸南北大地終於獲得了短暫的和平，然而，在表麵的平靜之下，一場新的風暴正在悄然醞釀，各方勢力都在暗中角力，試圖在關鍵時刻謀取更多的利益。
清軍的兩路大軍撤走後，清廷將大量的順明降軍編為了綠營部隊，駐防各地新占領區，並派遣了滿漢官員對占領區進行了治理，鞏固和消化戰果，以期將其徹底變為清廷治下。
清廷在湖北設置了湖廣巡撫，治所位於武昌，以洪承疇的門生林天擎充任湖廣巡撫治理湖北，並掌管湖北軍政大權；以左夢庚為湖北綠營提督，統帶五萬綠營兵（為平衡實力，清廷對左部進行了裁軍和分流）駐防湖北。
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