摩爾根決心沿著這條線索追下去，看看動物是怎樣遺傳的。他進一步觀察，發現子二代的白眼蠅全是雄性。這說明性狀（白）和性別（雄）的因子是“連鎖”在一起的。而細胞分裂時，染色體先由一變二，可見能夠遺傳性狀、性別的基因就在染色體上，通過細胞分裂一代代地傳了下去，染色體就是基因的載體。摩爾根和他的學生真的還推算出了各種基因在染色體上的位置，並畫出了一張果蠅的染色體位置圖。
摩爾根的染色體理論成功地解釋了性別遺傳。原來，性細胞，即精子和卵子，除可先一分為二，變成成倍的新細胞外，它還可以“減數分裂”。就是本來細胞中含有46個染色體，結果分裂後隻剩23個。這樣一個精子和一個卵子結合，又成為一個有46個染色體的新細胞了，這就是新的生命。男女雙方的23個染色體有22個是普通染色體，隻有一個是決定性別的。這一個在女性一方都是X染色體，在男性一方則有可能是X也可能是Y.精子與卵子結合時，如果雙方都含X染色體，則生女孩，如果X卵子碰到一個Y精子則生男孩。這個謎到摩爾根這裡才終於揭破了，也因此他終於創立了著名的基因學說，並獲得了1933年的諾貝爾生理學及醫學獎。
各位讀者，遺傳學的規律自孟德爾到摩爾根，其間過了四十多年才逐漸摸清。先是由孟德爾提出一個遺傳因子的假說，然後由後人一步步驗證，再提出新的假說，再驗證，科學就這樣向前發展了。恩格斯有一段話專門談這種研究方法，他說：“隻要自然科學在思維著，它的發展形式就是假說。一個新的事實被觀察到了，它使得過去用來說明和它同類的事實的方式不中用了。從這一瞬間，就需要新的說明方式了——它最初僅僅以有限數量的事實和觀察為基礎。進一步的觀察材料會使這些假說純化，取消一些，修正一些，直到最後純粹地構成定律。如果要等待構成定律的材料純化起來，那麼這就是在此以前要把運用思維的研究停下來，而定律也就永遠不會出現。”
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遺傳是由基因決定的，那麼基因又是由什麼構成的呢？生物學還有待向更微觀的領域開拓。孟德爾的假說被證實了，摩爾根接著又向後人提出一個假說，他在自己的名著《基因論》的末尾說道：“我仍然很難放棄這個可愛的假設：就是基因之所以穩定，是因為它代表著一個有機的化學實體。”
這個假設是否能夠成立，且聽下回分解。
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