為食物損壞了，他們隻好出去覓食。兩人在這個古早的年代因為格格不入，四處撞壁，還惹出笑話。
尤其是道彌，畢竟是外星人，還得掩藏好自己，一不小心被醉漢看到，還得翻著白眼大喊：“鳥人啊！”，直接嚇暈，把道彌給氣死了。
好在兩人畢竟是未來人，也擁有，或者能夠自製很多未來科技，平板電腦、激光等應用令觀眾看得直呼神奇。
兩人為了回去，得把霧鯨給修好，才能利用上麵的設備找到回去的坐標。
這個時代，華夏的最高科研單位就是中央研究所，他們試圖去這裡偷些材料。
也是在這個過程中，兩人結識了研究所一個研究員的孩子，陳妙想。
正在中央研究院附屬學校上學的陳妙想，雖然有天賦，卻因為家庭矛盾，痛恨物理課，而且由於此時剛剛開始招收女學生，她成為班上唯一的女生，老師、同學都認為她遲早會退學嫁人。
陳妙想製作的小發明捕獲了來自幾百年後的平行宇宙來客，道彌一開始還想裝妖怪，糊弄這個“無知少女”。陳妙想呢，一開始也以為他們倆是文盲，因為他們對現代科技好像特別陌生。
結果是陳妙想逐漸發現不對，小深不但不文盲，還特別有文化！
而她也並不如他們想的那麼無知，甚至捕捉到了他們對話中蟲洞、量子糾纏之類的關鍵詞，翻找論文後，依稀推斷出他們不是什麼妖怪，頂多就是個外星人。
此時，小深用自己隨身攜帶的“鏡花水月”係統中的全息投影設備，又巧舌如簧，騙到了陳妙想，這才掙脫禁錮裝置。
因為陳妙想就住在學校裡，雙方進行了數次“交鋒”。最後倒是因為小深啟用不多的能量，幫了被同學欺負的陳妙想，化敵為友。
大家結成聯盟，陳妙想還給特別會使用投影的小深起了個幻影師的代號，管道彌叫八哥精。
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此後，陳妙想先替他們弄到足夠的能量，把商積羽“複活”了，又準備替小深他們尋找回去的材料。
作為回報，小深也幫陳妙想找回對學業的熱情――小深自己是這麼說的。
道彌則表示：你自己做個複印機出來，幫陳妙想複印要抄寫的作業，也叫幫人學習？！
當然除此之外，他們還是用未來科技給陳妙想展示了很多神奇的事物。
小深一直心心念念要回去，可在去羽陵學院舊址參觀的時候――現在的學校還是一片景區，他竟然在這個宇宙見到了自己去世的曆史係同學白滄年。
白滄年在這個時空生活竟生活在數百年前，這也是平行宇宙的細微差別，但他的長相、性格都和從前一樣。
因為友人英年早逝，而且兩家是世交，他們也曾共同完成作業，小深一直耿耿於懷，現在看到白滄年“複活”，小深喜出望外。
小深沉迷在失而複得的友情中，陳妙想催促都被他拖了下去，道彌的提醒似乎也無法讓小深徹底清醒。
商積羽提醒他，主人，不要沉迷在虛幻中了。主人，我很擔心。主人……
小深卻問他，你的關心、嫉妒是出自你的程序、數據分析，不也是虛幻的。
商積羽沉默了。
人工智能係統似乎也開始“思考”起了自己的存在。
一直以來，善用幻影的小深，卻沉迷在了平行宇宙的鏡花水月之中。
他甚至想，這裡也是華夏，有什麼不好？反正……原來的世界，他也沒有父母了。商積羽在他身邊，道彌在他身邊，白滄年也存活在這裡。
此時，觀眾們才明白，這才是片名真正所指，一時都沉思了起來。
不同宇宙的你，也是你自己嗎？商積羽，那麼像人類，但他到底會不會有自己的意識？無數問題縈繞在大家腦海中，也成了觀影後仍然被熱議多年的話題。
不同宇宙中的人，說是同一個，還是有區別的，至少，他們沒有共同的經曆。
小深漸漸也發現了，白滄年終究不是原來那個白滄年，但他仍有些掙紮。
而白滄年也察覺到了小深他們的身份，想要掠奪霧鯨上的超前科技，也真的偷到了一把激光槍。
故事進入高潮部分，小深經曆危機，幸好他動手能力強，又能打，在陳妙想的協助下，修好霧鯨，還在激光槍對戰中，把白滄年給狂錘了一頓。
最後這大戰把觀眾看得又是熱血沸騰，這未來世界的武器威力也太大了吧！
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