萬俟卨收集偽證，組織獄詞，羅織罪名。秦檜又串通雖為主戰卻與趙鼎有矛盾的張俊，收買、勾結嶽家軍重要將領張憲部將王貴、王俊等人，秉承秦檜意旨，誣告張憲欲據襄陽為變，以謀恢複嶽飛兵權。張憲遂被捕入獄，將嶽飛，嶽雲父子也送大理寺(甫宋最高審判機關)。嶽飛被捕已兩月有餘，罪狀’還投編造好。一天，秦檜獨居書室，吃了柑子，用手指劃柑皮，若有所思。秦檜妻王氏素來陰險，看見秦檜的動作就訕笑著說，“老漢怎麼一直沒有決斷呢！捉虎容易，放虎難哪！”秦檜聽懂了王氏的意思，寫一張小紙片送獄吏，嶽飛當天就死在獄中，嶽雲、張憲被殺於市。
這一天正是紹興十一年十二月二十九日(1142年1月27日)，卻成了中國曆史上永遠沉重的一天。
嶽飛將被害時，抗金老將韓世忠十分氣憤，質問秦檜，嶽飛父子究竟犯了多大罪，事實如何，有什麼證據?秦檜說：“莫須有”(這是當時的口語，意思是“可能有”，“也許有”)。韓世忠說：“莫須有三字，何以服天下?”這時韓世忠已罷樞密使之職，他滿腔憤患，隻得騎驢載酒繞西湖了。
秦檜總攬大權後排除異已的迫害手法花樣翻新。
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秦檜的一種手法是背後撥弄是非，造謠離間，出賣同他共事的大臣，特別是對二個同為相的張浚與趙鼎。
紹興七年(1137年)，張浚要求離開右相的職位。宋高宗趙構問他：“誰可代替你呢?”張浚不說。趙構又問：“秦檜怎麼樣?”張浚說：“與他共事，才知他不光明磊落。”趙構說：“那就用趙鼎。”趙鼎接替了張浚的宰相職務。後來張浚受到迫害，要把他安置在嶺南，趙鼎雖然與張有矛盾但畢竟在主戰的思路一致，就約同事解救，與眾大臣麵奏趙構，每人都千官萬語為張浚求情，唯獨秦檜一言不發。張浚雖然曾極力為引薦過秦檜，並談秦檜“善良”，後來共事後知他不光明正大，在秦檜複相的事上就不再推崇他了，秦檜因此懷恨張浚。秦檜事後用挑撥手法告趙鼎說：“在你複相的事上，皇上想召用你，我也幫你說過好話，可當時是張浚拖延扣留”。趙鼎經秦這麼一說也就深信不凝。秦檜當年在樞密院作趙鼎下屬時隻聽趙鼎的指使，而趙鼎素來就與張浚在工作上有些矛盾，經秦這一撥弄，趙鼎就去排擠張浚，兩個人爭來鬥去，最後他們都被秦檜所排擠。趙鼎與張浚晚年在福州相遇，談及此事，才知都被秦檜出賣了，算計了。
秦檜的第二種手法是言語不多，卻很毒，甚至以一語害人。正如《宋史》中所說，秦檜陰險如懸崖陷阱，深危莫測.群臣討論政事，還沒有據理力辯，他用一兩句話就否定了。李光曾與秦檜爭論，發言稍微觸犯了秦檜，秦檜就不說話了。等李光說完，秦檜慢慢地說：“李光沒有作大臣的禮法。”趙構聽後，對李光十分生氣。所以史書上指出秦檜凡陷害忠良，一般是用這種權術。
秦檜的第三種手法是一意孤行，排除異己，必欲置反對者於死地而後快。樞密院編修官胡銓上書，願斬秦檜以謝天下。頃刻受到秦檜打擊，把他貶往昭州(今廣西乎樂)“編管”（宋代官吏，因罪除去名籍貶謫州郡，編入該地戶籍，並由當地官吏管束）。他因小妻臨產，想稍晚幾天再走，結果秦檜派人叫他戴上刑具，押送昭州。秦檜還覺得對胡銓處理過輕，不足以“貶一警百”，使反對議和的人從此俯首貼耳，箝口不官，因而迫使趙構發了一道詔令，說胡銓上疏是放肆稱凶，倡導犯上之風，告誡朝廷內外，不得效法。大臣白鍔說秦檜辦事荒謬反常，被刺配萬安軍（今廣東海南島萬寧）。
四
紹興十四年（1140）趙鼎貶為清遠軍節度使，旋謫漳州、潮州安置。四年後又被秦檜誣陷受賄，由潮州再流放到吉陽軍（今三亞市）。
其實，秦檜對趙鼎還是客氣的，畢竟曾當過他的頂頭上司。當時趙鼎被貶離京時，秦檜假惺惺地為他送行。但趙鼎並不領情，隻是輕蔑地瞧了他一眼，拱拱手就走了。為此，秦檜更加忌恨趙鼎，將他越調越遠，最後貶謫到崖州。他途經雷州時，知州王惕“假肩與以送”，秦檜聞知，謫王惕金州。
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