斯曼諾夫被聘為政治軍事顧問。同時,選派政治工作人員分赴各軍,成立政治處。馮玉祥還與於右任等著手組織軍中特別黨部。9月27日至29日,召開了中國國民黨國民軍聯軍全軍代表大會,宣布國民聯軍集體加入國民黨,成立最高特別黨部。由劉伯堅報告國民黨的主張與大會的意義;馮玉祥報告國民軍及國內外形勢。選出方振武、劉伯堅、任作民、趙守鈺、王一飛、張兆豐、弓富魁、石敬亭等11人為執行委員;馮玉祥、徐謙、於右任、劉驥、史宗法5人為監察委員;盧召亭、張樹聲等7人為候補執行委員;劉仁輔等3人為候補監察委員。五原誓師標誌著國民軍最終擺脫了北洋軍閥的控製,有力地支持和配合了從廣東出發的北伐戰爭,推動了國民革命運動的發展。