陳炯明反動勢力，國民政府開始第二次東征。黃埔學生軍和粵軍一部分改編為第一軍，成為此次東征主力。11月初收複潮、汕，最後消滅了盤踞在東江十多年之久的陳炯明叛軍。接著東征軍回師助剿南路軍閥鄧本殷。1926年2月，革命軍渡海作戰，消滅殘敵於海南島。至此，廣東全省完全統一。1926年7月北伐戰爭開始前，黃埔軍校部分學生被派往湖南、湖北、江西、福建、浙江、江蘇、安徽、河南等省，組織和發動工農群眾，準備協助北伐軍作戰。北伐開始後，黃埔軍校第四期學員畢業，先後分發到前線1000多人。並從第五期抽調了入伍生炮兵團、工兵團、迫擊炮連隨師出發。他們為消滅吳佩孚和孫傳芳、把革命推進到長江流域作出了重要貢獻。
隨著革命統一戰線的建立和革命形勢的發展，國民黨內政治分野日益明顯，軍校內部的革命勢力與右派勢力的鬥爭隨之尖銳，集中反映在以共產黨員和社會主義青年團為核心的革命團體“青年軍人聯合會”同由校內少數反共分子糾合的“孫文主義學會”兩大組織之間的鬥爭，它也是當時統一戰線內部鬥爭在黃埔軍校的反映。蔣介石對於“青年軍人聯合會”和“孫文主義學會”，表麵上不偏不倚，實際上卻在1925年12月召開的第一軍政治部職員和各級黨代表會議上，提出了《調合黨爭辦法》，規定校內共產黨員的一切活動“均得公開”，從而加強對共產黨員的控製。中山艦事件後，4月7日，蔣介石下達“除本校特別黨部各級組織應用黨部加以工作外，其餘各種組織即一律自行取消，此後並不得再有各種組織發生”的校令。4月15日，“青年軍人聯合會”被迫發表通電，宣布自行解散。“孫文主義學會”也發表了解散宣言。但兩會雖然在名義上解散，鬥爭卻日益擴大化。1926年6月，蔣介石憑借5月提出的限製共產黨的“整理黨務案”，在軍校裡公開發表反共講話，要求共產黨人退出共產黨、共產黨學生向連長聲明自己的身份。同時又組織“黃埔同學會”，自任會長，以原來“孫文主義學會”的骨乾把持公務、排擠“黃埔同學會”中的共產黨員。隨著北伐戰爭進行，蔣介石加緊了反共的步驟，致使軍校內部反共分裂局麵日益嚴重。黃埔軍校部分革命師生曾向蔣介石發表公開信，表示要掀起一個“救校長運動”，要求蔣介石收斂其反共行為。但蔣介石卻進一步與帝國主義勾結，悍然在上海發動了“四一二”反革命政變。接著相繼發出《飭黃埔學生停止開會令》等文告。1927年4月18日，黃埔軍校實行“清黨”，400多名共產黨人被逮捕。為黃埔軍校作出重要貢獻的熊雄、蕭楚女等著名共產黨人遭殺害。不久，汪精衛集團在武漢發動了“七一五”反革命政變，革命統一戰線完全破裂，大革命最後失敗，黃埔軍校也由國共兩黨創辦、有光輝革命業績的軍事政治學校，成為由蔣介石集團操縱的用以培養反共、反人民骨乾的學校。
從1924年5月到1927年7月，黃埔軍校共招收了6期學生，共兩萬餘人。除從全國招收學生外，朝鮮、越南、新加坡等國革命青年也前來學習。第一期學生為493人，1924年11月底畢業。後來又把原定編入第二期第六隊的軍政部講武堂一部分學生146人提升到第一期，因此，第一期人數增加到639人。第二期學生1924年12月入學，計450人，於1925年9月畢業。第三期學生1924年12月人學，計1224名，於1926年1月畢業。1926年1月至3月，陸續招考第五期入伍生，共2620名。這時全國正處在革命高潮，為了適應形勢發展需要，同時籌備招考第六期入伍生。據不完全統計，第六期共有學生4899名(分為黃埔、南京兩部分)。前四期學生在大革命期間畢業，第五、六期是在大革命失敗後畢業。除黃埔本校外，還在廣東省內外設潮州、南寧、長沙和武漢分校。潮州分校於1924年11月招收學生隊和入伍生，校長由第一軍軍長何應欽兼任。南寧分校又稱第一分校或廣西分校，1926年春成立，俞作柏為校長。武漢分校又稱第二分校，1926年11月首先成立了以鄧演達為主席，郭沫若、李民治等為委員的招考委員會，負責籌備與招生工作。學生人校後，鄧演達因公離開武漢，校務由包惠僧代理。不久，確定學兵團長張治中兼任武漢分校教務長。惲代英為政治總教官。1927年“四一二”政變後，中央軍事委員會任命鄧演達、顧孟餘、徐謙、惲代英等為該校委員，實行委員製。長沙分校又稱第三分校，設於1927年2月，後並人武漢分校。
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