3年），施琅率清水師二萬攻取澎湖。不久，鄭氏勢力投降。清政府在台灣設台灣府及下屬三縣，隸福建省，並在台灣、澎湖駐紮軍隊。從此，台灣與大陸的關係更加密切。
三、粉碎準部上層的叛亂
清初，蒙古準噶爾部勢力逐漸強盛。噶爾丹自立為汗後，不僅占領了天山南北，勢力達到青藏地區，而且與沙俄勾結，企圖占據更多的地區。
為了維護國家的統一，康熙皇帝曾先後三次親征噶爾丹叛軍。康熙三十六年（1697年），康熙皇帝第三次親征，噶爾丹敗死。清政府在科布多（今蒙古國科布多）和烏裡雅蘇台等重鎮設官駐軍，加強了對喀爾喀蒙古地區的管理。
以後，噶爾丹之侄策妄阿拉布坦也走上了叛亂的道路。康熙五十六年（1717年），叛軍進入西藏拉薩。1720年，康熙帝派兵入藏，迅速驅逐了叛軍。
雍正元年（1723年），青海和碩特部羅卜藏丹津發動叛亂。清政府派兵鎮壓叛亂後，加強了對青海的管理。
乾隆時期，清政府還先後平定了準部貴族達瓦齊、阿睦爾撒納發動的叛亂。清中央設立伊犁將軍、參讚大臣、領隊大臣等，率兵分駐要地，加強了對天山北路的統治。
四、土爾扈特蒙古回歸
明朝末年，蒙古土爾扈特部因與準噶爾部不和，被迫西遷沙俄伏爾加河下遊地區，受到沙皇的控製。
噶爾丹敗死後，土爾扈特部遣使向清朝入貢和聯係，康熙也派使者前往探望，密切了土爾扈特部與祖國的聯係。乾隆三十六年（1771年），土爾扈特汗渥巴錫率全族克服困難，衝破沙俄軍隊的堵截，返回祖國。渥巴錫等首領受到乾隆帝的熱烈歡迎和封賞，部眾也得到妥善安排。
五、對西藏管理的加強
清朝入關前，就與西藏達賴喇嘛有一定的聯係。順治九年，五世達賴親赴北京朝見順治帝。清廷賜其金冊金印，並敕封\"達賴喇嘛\"的封號。
康熙皇帝派兵驅逐入藏的準噶爾叛軍後，分兵駐藏。雍正五年（1727年），清政府在西藏設置駐藏大臣，以監督西藏地方事務。乾隆十五年（1750年），清政府鎮壓西藏朱爾墨特叛亂後，廢除藏王製，在達賴之下設置噶廈，具體管理西藏地方政事。
乾隆五十六年（1791年），廓爾喀（今尼泊爾）入侵西藏。次年，清政府派軍驅逐廓爾喀侵略軍。此後，清中央頒布《欽定西藏章程》，規定駐藏大臣地位與\"達賴喇嘛、班禪額爾德尼平等\"；確定駐藏大臣管轄、任命各級地方官員和管事喇嘛的權力，以及監督財政、對外事務等職責。特別是達賴、班禪及其他 \"靈童\"轉世時的\"金本巴瓶\"掣簽儀式，也必須在駐藏大臣監視下進行，再報請中央批準，方為有效。從此，中央政府與西藏地方之間的關係更加緊密。
六 \"改土歸流\"
雍正四年至九年（1726年～1731），清政府任命鄂爾泰為雲、貴、桂三省總督，在西南少數民族地區進一步實行\"改土歸流\"政策，將很多世襲的土司改設為流官。
乾隆時期，清政府又在四川西北部推行改土歸流措施。在此期間，大小金川土司發動叛亂，以武力抗衡。清朝經過長期的用兵，才平定了叛亂，廢除了大小金川的土司製度。
改土歸流措施的實行，有利於中國統一多民族國家的鞏固和發展，密切了各族間經濟、文化的聯係。
七、鎮壓大小和卓木及張格爾的叛亂
乾隆二十二年（1757年），大小和卓木（博羅尼都和霍集占）在天山南路地區發動叛亂。1759年，清朝將這次叛亂鎮壓下去。之後，清政府在喀什噶爾等地設置參讚大臣、辦事大臣等，加強了對當地的管理。
嘉慶二十五年（1820年），張格爾在英國侵略者的支持下，煽動維族上層反動分子武裝叛亂。在各族人民的大力支持下，清政府派楊遇春等率大軍屢敗叛軍，收複失地。道光七年（1827年），清軍俘張格爾，平定了叛亂。
第三節 社會經濟的發展
一、恢複生產的措施和\"攤丁入畝\"
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