多層次的三維結構，其經濟效益和生態效益均佳。具體有果林地立體間套模式、農田立體間套模式、水域立體養殖模式，農戶庭院立體種養模式等。
生態農業模式
食物鏈型
這是一種按照農業生態係統的能量流動和物質循環規律而設計的一種良性循環的農業生態係統。係統中一個生產環節的產出是另一個生產環節的投入，使得係統中的廢棄物多次循環利用，從而提高能量的轉換率和資源利用率，獲得較大的經濟效益，並有效的防止農業廢棄物對農業生態環境的汙染。具體有種植業內部物質循環利用模式、養殖業內部物質循環利用模式、種養加工三結合的物質循環利用模式等。
時空食物鏈綜合型
這是時空結構型和食物鏈型的有機結合，使係統中的物質得以高效生產和多次利用，是一種適度投入、高產出、少廢物、無汙染、高效益的模式類型。
原則
德國生態農業的幾條原則
要求
德國生態農業的要求是，不使用化學合成的除蟲劑、除草劑，使用有益天敵的或機械的除草方法；不使用易溶的化學肥料，而是有機肥或長效肥；利用腐植質保持土壤肥力；采用輪作或間作等方式種植；不使用化學合成
生態農業
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的植物生長調節劑；控製牧場載畜量；動物飼養采用天然飼料；
生態農業不使用抗生
素；不使用轉基因技術。
規定
作為生態產品必須符合“國際生態農業協會（FOAM）”的標準，如產品如何生產，哪些物質允許使用，哪些物質不可使用等等。生態產品在生產過程中，其原料必須是生態的。所采用的附加料如在生產過程中必須使用，則允許部分附加料來自傳統農業，但不得高於25%。一旦使用了傳統農業附加料，則應在產品中標明使用的比例。隻有95%以上的附加料來自生態的，才可作為純生態產品出售。某一企業欲加入“生態農業協會”，將其產品作為生態產品銷售，必須經過3年的完全調整方可。並由國家授權的檢測中心對申請轉入生態農業生產的企業進行檢查，檢查至少每年進行一次，此外也可不定期進行抽查。如檢查不合格，則要延長調整期。
標識
所有符合歐盟《生產規定》（注：德國生態農業協會的標準高於歐盟的生產規定）的產品，允許標以生態標識。統一的生態印章提高了德國生態食品的信任度和透明度，它給消費者提供了巨大的便利，也為經營者帶來了很好的收益。
1999-2000年度，對150家生態企業的收益狀況調查表明，由於生態企業不使用化肥和農藥，產品產量雖有所下降，但生態產品價格遠高於傳統農產品，故企業總利潤及人均收入仍高於傳統農業企業。生態農業不使用化肥和農藥，土壤一直施用有機肥，並且采用輪作、間作種植方式，這樣不僅提高了土壤肥力，從長遠利益來看，生態企業產品產量會逐漸高於傳統農業。
存在問題
中國生態農業發展中存在的主要問題
目前，雖然在生態農業的理論研究、試驗示範、推廣普及等方麵已經取得了很大成績，但不能否認，還存在著一些問題。這些問題正成為限製生態農業進一步發展的障礙，
南方“豬-沼-果”能源生態農業模式
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