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公司沒有采用聚合物彈匣，儘管槍要重些。P99不帶彈匣的重量完全可以向格洛克17手槍看齊，它重635g，隻比首批格洛克(聚合物彈匣重40g，後來改成了鋼彈匣)重20g。P99容彈16發的鋼板彈匣重80g，其底部和托彈板為塑料，所以帶一個空彈匣重為715g。
扳機護圈部位結構
扳機護圈旁邊的彈匣卡筍和分解卡筍是一個整體，非常平滑，並可左、右手操作。分解卡筍位於扳機上部。杆式彈匣卡筍在扳機護圈的根部，可以兩頭按壓，其形狀為“非線式”，可由扣機之手的拇指或食指操作(此時，扳機處於保險狀態)，因此不會出現偶發火的現象(如把槍插入槍套時)。
扳機護圈前部有大家熟悉的便於持槍的戰鬥角。在批量生產前的P99手槍上，扳機護圈前麵呈與食指彎曲度一致的弧形，如今又變成了直形，帶有顯著的握槽。
在扳機杆的下方，扳機護圈上有與食指相匹配的滑動斜麵，以減少摩擦感和減輕夾皮之痛。此處隻有一個杠杆，即掛機柄稍微凸出一點，其側麵有與之平行的小護翼。扳機護圈後麵兩側有拇指槽，其右側的拇指槽也適合於右手射擊的射手食指。左側的則適合左撇子射手食指。P99手槍除掛機柄隻適合右手射擊者以外，其他操作零部件均適合左。右手射擊者使用。在套筒座前部有兩個榫槽供安裝激光瞄具或其他光電瞄具。
當別的設計師最近將外觀像鋼的聚合物用做套筒座導軌的時候，瓦爾特公司則對鋼質導軌又進行了優化：前後導軌采用鋼製件，左右導向板的聯接呈弓形，導軌外包一層塑料。分解卡筍和鎖膛月牙板(Gegenkulisse)也是這種結構。擊發機構安排在套筒座後麵，包括單動擊發阻鐵、擊針體和拋殼挺，全部由結實的鋼板做成。套筒導軌向後遠遠地延伸到握把後方，成為靜止的握把助鋤(Griffsporn)。這樣，扣扳機的那隻手在射擊中不可能因套筒的移動而受到傷害。
同套筒座一樣，P99套筒的設計也比往常擊針\/聚合物手槍家族那種猶如四棱形的結構略勝一籌。它的套筒呈梯形斜坡，前部略細些，其外形與該公司的P5手槍類似。由整塊高強度合金鋼銑削而成的套筒外部有一層瓦爾特公司特有的，堅硬而均勻的“特尼氟”塗層，比鍍鉻還好。套筒上沒有杠杆之類，除閉鎖窗外，另外還有兩個射擊時關閉的敞口，一個是擊針通道，另一個是待擊解脫按鈕槽。它的右邊是相對較長的抓彈鉤槽。
槍管和閉鎖機構
同它的外觀一樣，P99的內部結構也有不少革新之處。該槍同當前世界上廣為流行的改進型勃朗寧係統一樣，也是以槍管部分鎖定在拋殼口裡。與眾不同的是該槍的槍管和套筒不是直角形狀，而是以對半平分的八棱形即梯形相互扣合。
槍管與套筒之間的鎖定，就像人們熟悉的索格紹爾手槍那樣，通過槍管彈膛部分與拋殼口的正麵齧合來完成。射擊時，槍管和套筒一起後退，直至套筒座裡的閉鎖卡鐵與槍管下凸起裡的一個斜槽齧合，槍管向下，離開繼續後退的套筒。在槍管回轉過程中，套筒推其向前、向上與閉鎖卡鐵相撞，使套筒和槍管再次閉鎖。槍管內部經過研磨，刻有6條右旋膛線。槍管下方是複進簧，由平直金屬絲做成，結構合理，節省能量。複進簧與複進簧導杆一起構成了複進係統。
擊發和保險機構
套筒座內的四個部件即扳機組件，扳機杆，單動阻鐵和單動阻鐵驅動簧，外加兩個小彈簧，這些構成了P99的雙動和單動機構。在雙動狀態下，扣動扳機，使扳機杆推擊針體向後移動，壓縮擊針簧。臨近扳機行程終點時，扳機杆開始向下運動，釋放擊針，擊發槍彈。第一發彈雙動射擊後，其他射擊都是單動擊發。在這種情況下，擊針體被一個單獨的單動阻鐵阻住，單動阻鐵由單動阻鐵驅動杆驅動，後者又由扳機杆推動。
在單動擊發時，扳機杆將手指的壓力傳遞給一個由下麵將擊發阻鐵卡住或釋放的套簡卡鐵上。擊發阻鐵在鬆開瞬間向下，從側麵釋放擊針。這種單動釋放擊針的過程比采用自動撥回式扳機釋放擊針多後退1mm。單動時的扳機行程5mm，雙動時14mm，為了單動釋放扳機，需要約2.5Kg的扣力，雙動釋放需要約4. 2Kg。
對於老手來說，P99的扳機操作起來得心應手，當他在射擊後讓扳機從最後方位置隻向前行進約lmm時，他隻聽到或感到一個輕微的齧合過程。為了再次完成自動保險，必須讓扳機向前移動約4.5mm。當把扳機仔拉回到這4.5mm範圍的中間時，能夠進行非同尋常的快速射擊，因為自動擊針保險仍處於解脫狀態。這聽起來很複雜，實際上稍加訓練就能很好地掌握。
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