顧，不遺餘力的攻擊使他們走到對立麵。如馬士英本不是閹黨，隻因和阮大铖交好，便被群起抨擊，遂使馬士英決心與東林為敵。東林內部又以鄉裡為界，分裂成許多小組織互相爭吵。《明史》記：“東林勢盛，眾正盈朝。”內閣、都察院、吏部、兵部、禮部等要職，都為東林黨人所掌握，可謂盛極一時。然而，他們又因過於孤芳自賞，坐失良機，短短四年就被宦官魏忠賢驅儘殺絕，全部覆沒，讓客魏之流獨攬了朝權。
天啟三年由司禮秉筆監提督東廠，車馬儀衛，與熹宗一樣。東廠設於明成祖時，用以緝察官民，由司禮監秉筆太監提領，直屬於皇帝。司禮監秉筆太監是皇帝身邊最親近的人，要代皇帝閱批大臣奏章，魏忠賢大字不識幾個，本不應充任此職。同黨田爾耕掌廠衛事，許顯純為鎮撫司理刑，每日羅織罪名屠害忠良，呼號敲撲的刑杖聲日夜不絕東林黨人左副都禦史楊漣彈劾魏忠賢二十四大罪。說：“宮中、府中，大事、小事，無一不是忠賢專擅。”“皇上為名，忠賢為實。”百官響應，彈劾魏忠賢的呼聲一時甚囂塵上。魏忠賢懼，求韓爌調解，韓爌不理。魏忠賢泣訴禦前，並托客氏從旁洗飾。熹宗令魏廣微擬旨切責楊漣。魏忠賢佯裝辭去東廠職務，自願出宮避禍，熹宗再三慰諭，為此接連三日輟朝。
第四天有旨傳下，敕諸臣不得擅出奏事。朝臣大憤，罷朝以後，各去繕備奏章，陸續上陳，先後糾劾魏忠賢的不下百餘疏，或單銜，或聯名，皆義憤填膺。陳道亨調任南京兵部尚書，已稱病歸隱，不參與公事，此時也忿然聯合南京部院九卿諸大臣上書。大學士葉向高及禮部尚書翁正春，請將魏忠賢遣歸私第，以聊塞眾謗，熹宗仍然不從。工部郎中萬■，實在看不過去，便上言：“內廷外朝，隻知魏忠賢，不知陛下，豈可尚留左右。”魏忠賢正憤無所發，見了此疏大怒，隨即傳出矯旨，廷杖萬■百下，一班走狗都跑到萬■寓中，你一拳，我一腳，邊牽邊毆，待牽到闕下，萬■已氣絕而亡。
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林汝翥巡視都城，見有兩個太監搶奪財物，便輕施責罰。二閹回宮後向魏忠賢哭訴挨了欺負，魏忠賢下旨逮辦。林汝翥逃出城外。群閹無處拘拿，便在其舅大學士葉向高寓中謾罵坐索。葉向高憤極，上書熹宗：“國家二百年來，從沒有中使鴟張，敢圍閣臣私第。臣乃遭彼淩辱，若再不去，有何麵目見士大夫？”熹宗溫旨慰留，收回中使。不久林汝翥赴遵化軍門，乞為代奏，願自至大廷受杖，不願受閹黨的私刑。後林汝翥遂自詣闕下，受杖百下，保住了一條性命。葉向高知道與閹黨抗衡已事不可為，辭去相位回籍。
葉向高去後，顧秉謙成為首輔。顧秉謙與閣臣魏廣微用墨筆點《縉紳便覽》一冊，稱葉向高、韓爌、楊漣、左光鬥、周宗建等百餘人為“邪人”，又點出依附魏黨的“正人”以備進用。
禦史崔呈秀乞求魏忠賢收為義子。魏忠賢與崔呈秀相見恨晚，倚為腹心。他自恃魏忠賢寵信，貪汙納賄，無所不為，一些無恥之徒，多拜為門下士，借以接近魏忠賢。給事中李魯生譏諷說：“執中者為帝，宅中者為王，諭旨不自中出，將從何出？”大眾目為笑話，魏忠賢卻非常嘉許。閣臣顧秉謙、魏廣微等，編造了《縉紳便覽》一冊，將葉向高、趙南星、高攀龍、楊漣、左光鬥諸人統稱為邪黨；崔呈秀又做《同誌錄》、《天鑒錄》兩書，《同誌錄》上的都是東林黨，《天鑒錄》上的都是魏忠賢的人；僉都禦史王紹徽編《東林點將錄》，無論是東林黨還是非東林黨，凡被魏忠賢嫉恨的都列入東林黨中，共一百零八人，每人都以宋時梁山泊綽號：葉向高比擬為“及時雨”；繆昌期為“智多星”；文震孟為“聖手書生”，楊漣為“大刀”；惠世揚為“霹靂火”；鄭■為“白麵郎君”；顧大章為“神機軍師”，按天罡地煞，分類編列。天罡星部三十六，地煞星部七十二。
“東林”本是因被貶大臣高攀龍、於孔謙等在無錫東林書院講學而得名，後來朝中正派大臣，都被冠以“東林黨”，成為罪名。魏忠賢識字不多，正苦於東林黨人記不勝記，而水泊梁山諸人名字幼時就熟悉。有了《點將錄》，正好兩兩對證，容易記，於是異常歡喜，目為聖書。每次看廷臣的章奏，先將《點將錄》檢覽一遍，隻要在《點將錄》中有名字的，就下旨奏請責處。
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如轉宛，肢四官五，旒冕用冠，成雕木香沉用多，像塑的賢忠魏供所，工競巧鬥祠各”。算無木樹伐，帑公侵，財民剝，萬數者少，萬十數者多，費之祠一“。下天遍幾祠生的賢忠魏，年一到不，尤效紛紛地各。倍數麗壯祠飛嶽比，煌輝象氣，宇祠賢忠魏建創，處遠不祠飛嶽上湖西在遂。獎嘉旨矯即當賢忠魏。祠生建賢忠魏為湖西在請奏，賢忠魏好討為楨汝潘撫巡江浙
