而日趨緊張。樸次茅斯條約結束了戰爭，但激怒了日本人。它沒有允許日本為恢複受戰爭破壞的經濟而索求賠款。日本領導層認為，羅斯福有意偏袒俄國。
在這種情況下，羅斯福總統決定把美國的主要艦艇撤出遠東地區。7月中旬，\"俄亥俄\"號啟程返回本國港口。但一批經過挑選、才能突出的人則被留了下來，尼米茲和同學卡納加都在這一行列。他們被轉到曆史悠久、曾隸屬杜威艦隊參加過馬尼拉灣海戰的\"巴爾的摩\"號巡洋艦上。
雖然長期漂泊在外，尼米茲仍然與家庭保持著密切的聯係，這種聯係是通過書信的方式進行的。對尼米茲而言，寫信似乎是發自內心的一種自我表現形式。通過寫信，可以整理思想，不受乾擾地抒發自己的感情。因此，無論身在何處，他都要給母親和爺爺寫信，給爺爺的信似乎更為頻繁一些。
1906年12月12日，21歲的尼米茲在菲律賓群島的甲米地寫給爺爺的一封信裡說，他參加了少尉軍銜的考試，估計過關沒有問題，他正在努力爭取自己指揮一艘艦隻。
信中寫道：\"上級已經通知我，一旦'帕奈'號炮艇正式編入現役，就讓我去當艇長。它從現在算起還有兩個星期就可以服役了，將在南部菲律賓島嶼間巡航。看看這個地區的大地圖，你就知道它包括的範圍有多大。也就是說，我將可以隨炮艇訪問想去的任何港口。……艦員總數大約30人，允許由我挑選。我一定要選出一群優秀的艦員。\"
1907年1月31日，切斯特·尼米茲和布魯斯·卡納加被正式委任為海軍少尉。不久，尼米茲在馬尼拉灣出任\"帕奈\"號炮艇艇長，卡納加則指揮另一艘炮艇\"巴拉圭\"號。隻要條件允許，他們就設法在一起航行。他們的任務是巡邏，實際上也是向被征服的菲律賓人和蘇祿群島上的莫羅人\"炫耀武力\"，航行幾乎沒有遇到什麼麻煩，和平時期的巡航是激動人心的，他們享受著天天駛向陌生地方的樂趣。
除炮艇外，尼米茲還負責管轄一個駐有22名海軍陸戰隊員的小型軍港——波洛克。這是棉蘭老島的一個狹窄港口，尼米茲花了一些時間在這個小島上工作。
尼米茲在家信中寫道：\"那些日子過得挺有意思，我們沒有電台，沒法寄信，沒有新鮮食物，但打獵的時間很多。有一個水兵曾說，有朝一日在這個海嘴子裡將再也看不到一隻野鴨了。\"
業餘時間，尼米茲向水兵們講述從爺爺那裡聽來的故事。他的故事總有吸引人的情節和驚人的妙語。漸漸地，他成為一個講故事的專家了。第二次世界大戰期間，尼米茲講過的故事在海軍中廣為流傳。
波洛克小型基地的田園生活很快被打破了。日益加劇的美日矛盾波及到在美國的日本僑民。由於大批日本退伍軍人湧向加利福尼亞尋找出路，衝擊了西海岸的勞務市場。舊金山采取隔離日本小學生的辦法進行報複。在羅斯福總統乾預下，這種作法才得以停止。與此同時，戰爭恐懼席卷著美國的亞洲艦隊，一直擴展到棉蘭老島。1907年7月9日，羅斯福總統發布命令，把美國戰列艦從大西洋調到太平洋的舊金山。
熟悉海戰史的人們不會忘記，僅有6艘戰列艦的日本海軍，在東鄉的率領下，以\"分而殲之\"的方式，將擁有16艘現代化戰列艦的俄國遠東艦隊逐個擊敗，接著又摧毀了從大西洋調來的俄國波羅的海艦隊。如果日本想對美國采取軍事行動，時間必然選擇在大西洋艦隊調往太平洋之前，而首當其衝的進攻目標顯然是美軍控製的菲律賓軍事基地。
尼米茲和\"帕奈\"號應召調到甲米地海軍基地，情況如此緊張，以致於尼米茲在軍艦駛近馬尼拉灣之前，曾計劃派登陸小分隊作為前導，去偵察一下美軍是否還占領著那塊地方。
炮艇停泊後，尼米茲身著白色製服，掛著佩劍向基地司令官尤·羅·哈裡斯海軍少將報到。哈裡斯是一位鐵麵無私、不苟言笑的人。他用粗暴的態度向尼米茲發布命令：由尼米茲擔任尚未服役的\"迪凱特\"號驅逐艦的艦長。
尼米茲並不介意哈裡斯的態度，他知道這是一個非同尋常的任命。通常，即使在緊急情況下，也絕少讓一個22歲的海軍少尉去指揮驅逐艦。與他同時期的海軍軍官，如斯普魯恩斯、哈爾西和金，都是在26歲到36歲之間開始擔任驅逐艦艦長的。
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哈裡斯海軍少將連尼米茲回\"帕奈\"號取衣物的時間也沒給他，用自己的小艇全速送他到\"迪凱特\"號上任職。
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