總管李世績出戰，不利稍退，宋金剛乘機反撲。李世民即率精騎出其陣後進擊，大敗宋金剛軍，斬首3000級。尉遲敬德、尋相等以介休、永安(今山西霍縣)二城降唐。劉武周放棄並州與宋金剛逃往突厥，後為突厥所殺。戰後，錄前後戰功，賜秦叔寶黃金百斤、雜彩六千段，並授上柱國。七月，秦王李世民率軍東征王世充(參見洛陽、虎牢之戰)，秦叔寶在每次作戰中都衝鋒在前。如武德四年(621年)正月，在洛陽外圍作戰中，行台仆射屈突通、讚皇公竇軌帶兵巡營，猝與王世充軍遭遇，交戰不利，李世民即率玄甲隊馳赴救援，大敗王世充軍，俘其騎將葛彥璋，斬俘6000餘人，王世充逃回洛陽。武德四年(621年)三月，夏王竇建德率10餘萬大軍西援洛陽。李世民也於二十五日親率精兵步騎3500人進駐虎牢(今河南滎陽西北汜水鎮西)(參見虎牢之戰)。五月初二，雙方展開決戰，李世民率秦叔寶等精銳突入其陣，從陣後展唐旗，竇軍士卒迅速崩潰，竇建德亦為唐軍所俘。戰後，秦叔寶進封翼國公，賜黃金百斤、帛七千段。是年七月，竇建德舊部劉黑闥起兵反唐(參見劉黑闥起兵反唐之戰)，很快占據河北大部郡縣和河南部分地區(參見劉黑闥攻唐河北之戰)。十二月十五日，李世民命奉命征討劉黑闥。武德五年(622年)二月十一日，秦叔寶於列人(今河北肥鄉東北)擊敗劉黑闥。至三月，唐軍在洺水(今河北曲周東南)擊敗劉黑闥軍(參見洺水之戰)，收複淪陷州縣。秦叔寶因功又被賞物千段。前後所賞賜的金帛以千萬計。秦叔寶隨李世民出戰時，敵軍將派驍將銳卒炫耀人馬，李世民必命秦叔寶前去出擊，秦叔寶每次都“躍馬負槍而進，必刺之萬眾之中，人馬辟易。”(《舊唐書·秦叔寶列傳》)李世民對他更是器重，秦叔寶也頗以此自負。
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從太原起兵到統一全國過程中，李世民屢建奇勳，威望很高，並形成了以秦王府謀士和勇將為核心的實力雄厚的政治集團，秦叔寶便是其中之一，對太子李建成構成嚴重威脅。李建成為保住太子地位及皇位繼承權，與齊王李元吉結交，共同反對李世民。
武德九年(626年)六月，李元吉又借口抵禦突厥，奏請抽調秦王府勇將秦叔寶、尉遲敬德、程知節和段誌玄等隨軍，以消弱李世民實力，然後乘機將其除掉。
李世民得知李建成欲於為李元吉餞行時殺害他，遂與文臣武將商議，決定先發製人。四日晨，李世民率秦叔寶等人發動玄武門事變(長安太極宮北麵正門)，伏殺太子李建成、齊王李元吉，奪取了皇位繼承權。初七，李淵立李世民為皇太子。十二日，李世民封賞功臣，秦叔寶拜左武衛大將軍。八月初八，李淵退位。初九，李世民即皇帝位，是為唐太宗。
十月，唐太宗大封功臣，秦叔寶食實封七百戶。此後，秦叔寶因疾病纏身，再未領兵征戰。他曾對人說：“吾少長戎馬，所經二百餘陣，屢中重瘡。計吾前後出血亦數斛矣，安得不病乎？”(《舊唐書·秦叔寶列傳》)
。功戰其顯以，前墓於立像石的他刻雕詔下，績戰前生其思追宗太唐。陵昭葬陪，督都州徐為封追被後死，世去寶叔秦，)年836(年二十觀貞
。公國胡封改，)年936(年三十觀貞
。名四十二第於位，中其列名寶叔秦，小大人真皆，閣煙淩於圖臣功四十二畫人命宗太唐，日八十二月二)年346(年七十觀貞
