26分，攻擊隊發現一艘敵航空母艦，前麵約十海裡處有數架護航機。友永下令他的飛行員迎上前去攻擊。護航的敵戰鬥機要想攔截，但立即被我方0式戰鬥機纏住，魚雷轟炸機速馳向那航空母艦。14點32分，友水命令機隊散開，以便從不同方向實施攻擊。兩分鐘後，他下令攻擊。這些飛機立即從二千米下降到離海麵隻有一百米左右，衝向美航空母艦。14點45分，友永隊長報告說，兩雷命中目標。一個半小時後判明，該航空母艦是屬於“約克城號”級的。
直到16點30分，幸存的日本飛機返回“飛龍號”後，大家才知道這次攻擊的更詳細情況。發出的飛機隻有半數——五架魚雷機和三架戰鬥機返回了“飛龍號”。飛行員報告說，一艘敵航空母艦中了一條魚雷，還重創了一艘“舊金山號”級的重巡洋艦。但後來的情報說明，所謂擊中一艘重巡洋艦，實際上是一架日本飛機濺落在艦旁海中。據報還擊落了敵戰鬥機八架。
據戰後美方記述，“約克城號”於14點42分左右的確中了兩條魚雷，但它成功地避開了另外兩條向它發射的魚雷。由於中了兩雷，加上以前在俯衝轟炸機進攻中所負的傷，“約克城號”這艘航空母艦完蛋了(原編者按：“約克城號”中雷後不到十五分鐘，艦長下令棄艦，但兩天後這艘航空母艦還在水麵上漂浮，6月6日下午，日本“伊—168號”潛艇發現了“約克城號”，向它發射了四條魚雷。“約克城號”又中了兩條魚雷，於次日6點沉沒。在旁進行救援工作的“漢曼號”驅逐艦，也中了一條魚雷，四分鐘後即沉沒。譯者按：據本書日文版第195頁載：“約克城號”由於遭到日本飛機第一次攻擊而進行緊急修理後不久，大約在“點30分，它的雷達發現日本飛機向它接近。“約克城號”立即起飛了六架戰鬥機，企圖截擊日本飛機。美機飛行高度是三千米，日機飛行高度是一千五百米，結果雙方沒有碰頭。在離“約克城號”大約十二海裡的時候，日本魚雷機隊遭到另外兩架戰鬥機截擊，但未受損失。魚雷機隊冒著前所未見的猛烈高射炮火，向“約克城號”逼近。在十六架魚雷機中，有八架被高射炮火擊落，另外八架魚雷機成功地突破了敵防禦彈幕。這時，又有三架魚雷機被擊落，隻有五架向“約克城號”發射了魚雷。“約克城號”中了三條魚雷，其中兩雷命中了左舷前部，炸開了一個大洞，另一條魚雷命中中部。“約克城號”中雷後，立刻失去了航速。)。但它的護航戰鬥機沒有受任何損失。
正如完全預料到的，友永海軍大尉的飛機沒有返航。橋本敏郎海軍中尉在第一攻擊波空襲中途島寸作為觀察員和友永同乘一架飛機，但在這次攻擊中，他在另一架飛機上。他親眼看到了這位英勇的隊長殉職。他說：“他的飛機由於機尾是黃色的，所以當它衝過我從來沒有見過的那樣猛烈的高射炮火時，可以看得很清楚，他投了魚雷，過了一會兒，他的飛機也粉碎了，在那樣猛烈的炮火前，對這艘航空母艦進攻就等於自殺性的撞擊。”
“飛龍號”的飛機在中途島海戰中對美國軍艦發動的第二次攻擊，也是日本人在這場海戰中發動的最後一次攻擊，到此就告結束。參加攻擊的飛行員和聽取飛行員報告的山口海軍少將都認為，第一次和第二次擊中的目標是不同的，因此有兩艘美國航空母艦遭到了致命的損傷。實際上，這兩次攻擊的目標都是“約克城號”。“約克城號”在遭到第一次攻擊後被迅速修複，所以，友永魚雷機隊把它當作另外一艘沒有受創的航空母艦了。
九、敵艦載機再次來攻
“飛龍號”發動三次空中進攻後(包括空襲中途島)，它的飛機已損失殆儘。當友永機隊最後一架飛機於16點30分在航空母艦甲板上降落時，“飛龍號”的飛機隻剩下了六架戰鬥機、五架俯衝轟炸機和四架魚雷機。從拂曉開始投入殊死戰鬥的飛行員已經精疲力竭，艦員們也一樣十分疲勞。當“飛龍號”的飛機攻擊敵人的時候，“飛龍號”自己也成了敵人一再猛烈攻擊的目標。從日出時開始，“飛龍號”遭到了七十九架敵機攻擊，成功地躲避了二十六條魚雷和大約七十顆炸彈。儘管剩下的航空兵力少得可‘憐和人員疲於奔命，山口海軍少將仍然決定要回擊。但他知道，再進行白晝攻擊不可能成功，所以決定黃昏時作一次最後努力，那時他的為數不多的飛機有更大的可能衝進去給敵人以一次有力的打擊。
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17點前不久，戰鬥暫停下來，利用了這個空隙時間給仍然處於戰鬥警報狀態的艦員們開飯。人們狼吞虎咽地吃著香甜可口的年糕團。即便在這短短的間歇寸間裡，還得儘量利用剩下的六架戰鬥機在上空保持著戰鬥巡邏。汁劃在黃昏時實施攻擊的準備工作也在進行。為了要找到據認為敵人僅有的那艘航空母艦的所在地點，山口海軍少將決定派一架高速偵察機進行搜索。
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