持了這樣的速度，不久就使各艦之間彼此都見不到了。這樣危險的航行是平時航海人員所不能想象的，也是常識所不容許的。但這是戰鬥，就象引起戰鬥的戰爭一樣，是往往超出情理範圍的。
12點20分，山本海軍大將向部隊發出了如下命令：
各部隊按下述命令行動並攻擊中途島地區之敵：
一、12，乍正，主力的位置是北緯35°08′，西經171°05′，航向120°，航速20節。
二、中途島的攻略部隊(近藤部隊)派部分兵力掩護輸送船團並令其暫時撤往北西。
三、第二機動部隊(角田部隊)火速加入第一機動部隊(南雲部隊)。
四、第三潛艇戰隊和第五潛艇戰隊在丙警戒線上展開。(原編者按：丙警戒線的位置是西經168°，北緯26°到36°之間。)
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從這個命令中可以看出，山本和他的幕僚沒有放棄殲滅美國水麵部隊和占領中途島的希望。隨後不久，山本海軍大將又指示輸送船團在中途島以西五百海裡處待機，以便一旦要它們進占中途島時，它們能就近行動。
二、舉棋不定
現在山本和他的幕僚最關心的問題是在中途島敵人還有多少航空兵力，因為這是製定下一步作戰計劃時必須加以認真考慮的。雖然日本的三艘航空母艦都失去了戰鬥力，但“飛龍號”還完好無損，可以用它來攻擊敵航空母艦。此外，還可進行水麵夜戰，或者采取別的攻擊手段。但攻擊敵岸基航空兵力隻能依靠機動部隊。可是第一次空襲中途島的結果還不清楚。所以宇垣海軍少將給南雲海軍中將的新旗艦“長良號”打一個電報，要南雲海軍中將詳細報告第一次空襲的結果。但沒有回答。山本因此斷定，友永機隊對中途島的攻擊不會是很成功的，這個結論可從正是友永本人建議對中途島實施第二次空襲這一點上得到證明。山本因此擔心，如果不立即摧毀中途島的航空基地，美國人可能從夏威夷凋去更多的飛機，這樣的活，占領中途島就更難了。
黑島海軍大佐因此建議，派一支水上部隊夜裡去炮轟中途島。山本海軍大將立即采納了這個建議，命令離中途島最近並有高速軍艦的近藤海軍中將的攻略部隊主力去執行這一任務。山本還決定，把原定的中途島和阿留申群島的登陸作戰推遲到殲滅敵航空母艦部隊以後。按照這些決定，山本海軍大將於13點10分發出了如下命令：
一、使用“攻擊敵艦隊C法”。
二、中途島攻略部隊司令長官派部分兵力於今夜炮擊並摧毀中途島的陸上航空基地。
三、中途島和阿留申登陸作戰暫時推遲。
“攻擊敵艦隊C法”是指集中中途島和阿留申方麵的全部戰鬥力量，與敵艦隊進行決戰。
在下達上述命令一個多小時以前，在11點50分，山本海軍大將收到南雲海軍中將轉移到“長良號”後第一次來電，報告他的三艘航空母艦受到的破壞程度和打算用他尚存的兵力攻擊敵艦隊，然後北撤。14點30分過後不久，“大和號”又收到南雲發給在阿留申南部巡航的角田海軍少將第二機動部隊的電報。電報說：
一、6月4日14點，第一機動部隊的位置是北緯30°48′，西經178°31′。我擬向東，殲滅敵特混艦隊後北上。
二、望第二機動部隊速與我會合。
人們一心指望著角田海軍少將的兩艘航空母艦“龍驤號”和“隼鷹號”迅速南下，支援南雲部隊，但15點30分收到的角田複電並不令人歡欣鼓舞，電報說：
“第二機動部隊收回攻擊荷蘭港的飛機後，立即南下。6日晨，我部將在北緯44°40′，西經176°20′加油後南下，與第一機動部隊會合。6月4日15點，我部位於荷蘭港南西一百二十海裡處。”
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