中次數任意減為三次。於是，結果“加賀號”被判為擊沉，“赤城號”則僅受輕傷。使奧宮吃驚的，就是這個被修改的裁決後來也被取消了，“加賀號”竟然又參加了下次對新喀裡多尼亞和斐濟群島攻略作戰的演習。對於空戰的裁判員裁決，也同樣地加以篡改，反正老是日軍得勝。
由於幾個大的作戰指揮部，包括南雲部隊和第十一(岸基)航空艦隊派來參加演習的參謀，沒有時間研究要檢驗的作戰行動，這次圖上演習的價值受到了影響。結果是，他們僅能充當木偶的角色，牽線人則是聯合艦隊司令部的幕僚。在中途島作戰圖上演習過程中發生一件事，說明了這次圖上演習的準備工作很不充分。在圖上演習時，南雲部隊的行動有些草率，引起了批評。有人提出這個問題：南雲部隊空襲中途島的時候，它的側翼可能出現敵特混艦隊，為了應付這種可能的情況，是否考慮過什麼方案。參加演習的南雲部隊的參謀含糊其詞地作了答複。意思是沒有方案。宇垣海軍少將本人也提出警告說，應該更多考慮到這種可能性。後來，在中途島海戰中，確實正是出現了這種情況。
圖上演習於5月4日結束後，又用了兩天時間召開關於中途島作戰的研究會。會上提出了修改作戰計劃的種種建議，但大部分都無結果。特別是從近藤海軍中將以下幾乎所有與會的指揮官都極力主張推遲中途島作戰的日期，以便有更多時間進行作戰準備。可是，宇垣海軍少將卻說辦不到，因為除非推遲整整一個月，否則推遲就意味著在進攻近海灘頭的夜間行動將沒有足夠的月光。
南雲部隊的參謀人員提出一個問題：“赤城號”旗艦無線電通信設備不好。當然，這是所有航空母艦的通病。因為航空母艦的無線電天線撲既要小又要矮，以免妨礙飛機的起落。在研究會上，南雲部隊參謀長草鹿海軍少將提出，“赤城號”可能截聽不到敵人無線電通信，無法判斷敵人的動向和企圖。為了解決這個問題，草鹿建議兩個辦法：一是山本海軍大將的旗艦“大和號”暫不率領需要保持無線電靜默(無線電靜默是指在規定時間和地區(海區)內禁止無線電發報以蔭蔽行動。——譯者)的戰列艦主力，獨自活動，把截聽到的敵方重要無線電汛轉告南雲部隊。二是“大和號”直接同航空母艦一齊行動，由山本海軍大將直接指揮南雲部隊。但是這兩個建議一個也沒有被采納。
這僅僅是聯合艦隊中途島作戰計劃在許多方麵沒有對南雲部隊提供適當支援的一例。至於空中搜索，南雲部隊也得完全靠自己的飛機。南雲部隊的警戒兵力是不夠的，不足以建立有效的對空火網，所以，南雲部隊主要要依靠它自己的空中戰鬥巡邏機對付敵機的襲擊。顯然，南雲部隊如遇到麻煩，離它有三百海裡遠的戰列艦部隊是無能為力的。實際上，南雲的參謀人員覺得很難理解，如果把戰列艦遠遠地布置在後麵，它們在整個作戰中究竟有什麼用場。
從根本上說，前麵已經談到，問題就在於中途島作戰計劃是建立在仍舊統治著聯合艦隊司令部的陳舊思想上：即艦隊的主力是戰列艦而不是航空母艦。不是用戰列艦去加強航空母艦和為航空母艦擔負警戒，反倒讓航空母艦擔負支援角色。這種觀念的荒謬性以後才慘痛地被認識到。
在5月1—4日圖上演習前一個星期，在“大和號”上舉行的檢討第一階段作戰的研究會上，源田海軍中佐以及南雲部隊的其他軍官都強烈要求徹底改組海軍部隊，把重點放在艦載航空兵上而不是放在水麵艦隻的火炮上。山口海軍少將還具體建議，把聯合艦隊全部水麵軍艦組成三個機動部隊，每個機動部隊以三至四艘航空母艦作為核心，適當地配以戰列艦、巡洋艦和驅逐艦，作為航空母艦的警戒兵力。當時，聯合艦隊已有很多警戒艦艇，預計到1942年下半年可有足夠的航空母艦來組成三支這樣的機動部隊，其中兩支機動部隊馬上就可以組成，每支部隊都是勻稱配備，並擁有強大的航空母艦力量。聯合艦隊原則上同意這個方案，但在中途島作戰前實際上沒采取任何行動把這個方案付諸實施。
圖上演習和研究會就這樣結束了。參戰部隊的許多軍官對中途島作戰計劃的各個方麵都不滿意，許多重要問題也沒有得到解決。有些軍官私下議論，認為聯合艦隊司令部似乎嚴重地低估了敵人的能力。但沒有人敢在會上公開地提出這樣的指責。而且在相當大的程度上作戰部隊的指揮官們自己也犯有過分自信的錯誤，南雲部隊確實就是如此：我們完全相信自己的實力，即使沒有戰列艦部隊的支援，我們也能獨力粉碎敵人的艦隊。
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在作戰研究會結束時，山本海軍大將號召聯合艦隊儘最大努力，爭取作戰成功。他說：
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