爾斯及其參謀人員和聯絡官當時所作的描述相去甚遠；蘇聯曆史學家甚至說蘇聯海軍在北極水域是與英美兩國海軍一起進行這場戰爭的，這給人的印象好像運輸船隊所取得的成績，主要應歸功於蘇聯強大的空中和海上支援。
接替麥克法蘭將軍率領英國軍事代表團的海軍上將邁爾斯後來說，蘇聯海軍探測水下潛艇的測聽裝置效率很低，而且它還沒有磁雷，不懂得消磁，沒有雷達，不懂得掃除磁性水雷或音響水雷的方法。蘇聯海軍人員似乎不是受到自卑感的折磨就是對他們自己的技術能力具有一種完全不適當的自信心。他們不喜歡單調的日常工作，對掃雷和護航工作很快就感到厭煩。據英國的報道，蘇聯一些貨船船員在北極的海上運輸中表現了堅韌不拔的精神，但許多執行護航任務的海軍人員則不一樣，他們似乎願意留在港內而不願意出海。據說他們的出海率很低。蘇聯偶爾有幾艘軍艦到科拉半島海灣外迎接海上運輸船隊，但是蘇聯護航艦艇通常受領的是從科拉半島到阿爾漢格爾斯克這一段海路的護航任務，因為英國人認為蘇聯軍艦在近海活動為好，在這種情況下，蘇聯的高級軍官，不論他的軍階有多高，總是被置於英國海軍的指揮之下。英國對蘇聯海軍不抱什麼希望。德國潛艇埋伏在科拉半島海灣外，結果，英美就在北俄羅斯沿海這一帶損失了五分之一的艦艇；照英國的說法，儘管盟軍不斷迫使蘇聯保持該地區安全，然而蘇聯海軍及其航空兵在摧毀敵軍潛艇和轟炸機方麵戰果甚微。
至1943年，蘇聯北方艦隊據說已有九艘驅逐艦、二十二艘潛艇、十六艘掃雷艦、二十艘獵潛艦、六艘魚雷艇以及至少三百架飛機。
波羅的海紅旗艦隊基地，原先設在喀琅施塔得，但在1940年該主要基地向前移至塔林(雷維爾)，喀琅施塔得便留作後方支援基地。較輕型的艦艇中隊均被部署在芬蘭灣外的李帕加(李包)、溫道(溫次匹爾斯)和烏斯季德溫斯克(德維納河口)。波羅的海艦隊由特裡布茨指揮，據說曾擁有兩艘舊戰列艦、兩艘巡洋艦、四十艘驅逐艦、六艘魚雷艇、一百多艘魚雷快艇以及九十三艘潛艇。1941年6月德國海軍傾其全力與英國作戰，因此，隻有五艘潛艇、四十艘魚雷快艇和十艘布雷艦可供波羅的海作戰之用。德國艦隊原先屬於古澤指揮的波羅的海司令部的編成內，但是後來又建立了C和D兩個海軍司令部來接管守備部隊和那些已被占領的波羅的海沿海的岸防設施。同年11月，C司令部被解散，D司令部接管它的任務，成了以奧斯特蘭為新番號的海戰司令部；它的司令富是布爾夏迪，司令部設在塔林。西波羅的海以及後來整個波羅的海的指揮權終於都歸波羅的海總司令施蒙特(後來是庫梅茨)統管，其總部設在基爾。
德國空軍的優勢和德國海軍的驍勇善戰，使蘇聯遭到嚴重的傷亡。德國海軍在芬蘭的協助下，在橫跨芬蘭灣的進出口設置了雷障和鋼鐵柵欄網以阻止敵軍進入更為開闊的波羅的海。9月和10月駐守在波羅的海島嶼上的蘇軍均被肅清，蘇聯撤出了在芬蘭灣進出口處漢科和奧登肖爾姆的基地。於是喀琅施塔得和列寧格勒成了主要的海軍基地，拉萬島成了前進基地。12月芬蘭灣封凍，芬蘭軍隊便越過封凍的芬蘭灣進攻拉萬島上的海軍基地和停泊在喀琅施塔得沿岸的軍艦，艦上的水兵被迫用輕武器、鐵絲網和反巡邏來進行自衛。
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1942年4月，芬蘭灣解凍後，蘇聯海軍便清除了列寧格勒、喀琅施塔得，爾後到拉萬前進基地這一帶的水雷，並開始在設置了障礙的芬蘭灣進出口以東的有限水域內進行潛艇訓練。從6月起，蘇聯海軍下定決心，突破德芬設置的障礙，結果蘇聯有一批潛艇突破雷障，進入了開闊的波羅的海水域。可是，由於人員訓練和裝備都不理想，這些潛艇的戰果很小，1942年軸心國在波羅的海海上運輸隊中的一千七百三十八艘船隻中僅有二十六艘被擊沉，而德軍卻聲稱在此期間擊毀了十艘蘇聯潛艇。英國皇家空軍，特別是它的轟炸機部隊的空襲，對德國在但澤灣的運輸船隻和潛艇訓練的破壞超過了蘇聯波羅的海艦隊所造成的破壞。
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