馬德新、馬如龍領導的滇東南回民起義軍；一支是由杜文秀領導的滇西回民起義軍。前者被清軍所誘獻地降清而失敗。後者於八月十八日占領大理，杜文秀被眾推為總統兵馬大元帥，建立革命政權。起義軍實行民族和睦政策，受到各族人民擁護，力量不斷壯大。十一年，杜文秀已建起東至鎮南(今南華)，西至騰越(今騰衝)，南抵威遠(今景穀)，北達麗江的根據地，並多次粉碎清軍的進攻，保衛了大理政權。同治六年(1867年)六月，杜文秀乘雲南清軍被調鎮壓貴州苗民起義之機，集中 10萬大軍，兵分四路東征昆明，連破楚雄、武定、尋甸等30餘州縣，直抵昆明城下，從北、西、南三麵包圍昆明。當時，昆明隻有署提督馬如龍率萬餘人困守孤城。回軍各路缺乏統一指揮，加之配合不力，未能及時破城，而是采取了持久坐困方針，但又未截斷城東通道，采取打援措施，給清軍組織反攻贏得了時間。七年二月，布政使岑毓英率清軍 3萬餘人自曲靖回救昆明，一直攻至昆明城東南郊小板橋，與守城清軍取得聯係，繼占呈貢、晉寧、微江，同時命楊玉科繞道四川會理南下，攻取武定、羅次，直逼富民，威脅圍城回軍側後。回民遠征軍為保衛後路安全，派軍奪回羅次、武定、祿勸等城。這時，新任雲貴總督劉嶽昭率軍由黔入滇，圍攻尋甸，回民軍抽兵解圍，岑毓英率軍乘機攻取義軍屯糧重地富民，在楊玉科配合下，再奪祿勸、武定、羅次等城，切斷尋甸回軍後路。接著，岑毓英率軍迫嵩明守將李芳園、蔡杜氏(杜文秀女)降，尋甸守軍隨之投降。八年七月，清軍移師西路，儘奪昆明四周要地。回軍遠征昆明失敗。清軍解昆明圍後，隨即向大理進軍。回軍奮戰二年，逐城與敵爭奪，大理附近州縣相繼失守。十一年五月初七，清軍攻占大理南北門戶下關、上關。二十七日，杜文秀死難，大理陷落。至十二年四月，回民軍最後據守的三個城市順寧、雲州、騰越相繼被清軍攻陷。至此，堅持 18年的雲南回民起義戰爭結束。
陝甘回民起義戰爭
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清同治元年(1862年)四月，太平軍陳得才部入陝，團練中的回勇不願與太平軍作戰，殺帶隊漢族惡霸地主，散歸家鄉，官府及漢族團練乘機殘殺回民，致使回民奮起反抗。任武、赫明堂領導渭南、華州回民率先起義，各地回民紛紛響應，起義遍及陝西全省，並迅速擴大到甘肅。欽差大臣勝保率軍攻剿，連戰連敗，被解京問罪。新任欽差大臣多隆阿率軍入陝，由東而西，剿撫兼施，回民起義軍連連受挫，被迫從陝西轉入甘肅董誌原地區，據為基地。四年春，甘肅回民起義形成了四個反清中心，即金積堡(今寧夏吳忠西南)的馬化龍；河州(今甘肅臨夏)的馬占鼇；西寧(今屬青海)的馬桂源、馬本源；肅州(今甘肅酒泉)的馬文祿。他們相互配合，固守堡寨與遊擊相結合，不斷向清軍進攻，斷敵糧運及文報傳遞，迫使陝甘總督楊嶽斌困守省城蘭州。七年冬，欽差大臣、陝甘總督左宗棠在鎮壓西撚軍後回到西安，經充分準備，於八年春向甘肅進軍，采取各個擊破方針，先攻退往甘肅的陝西回民軍。回民軍接戰失利，從董誌原退往金積堡。左宗棠督軍兵分三路繼攻影響最大的金積堡，兩路進行策應，一路主力直指金積堡。馬化龍率回民軍與清軍反複爭奪堡寨。苦戰 16個月，終被擊敗降清。十年六月，40營清軍進攻河州。河州回民軍為收縮兵力，在洮河東岸稍作阻擊後，退至西岸，多次擊敗清軍搶渡。十月，清軍渡過洮河，回民軍為誘敵深入，退至太子寺(今廣河)掘壕築堡堅守。十一年正月，乘夜出擊，一夜間在清軍陣地中間築堡壘 3座，並重創清軍多次進攻，斃敵提督多人，迫其撤退30裡。河州回民軍首領馬占鼇知無法與清軍相抗，遂乘勝請降。八月，劉錦棠奉命率湘軍18營進攻西寧，回民軍在大、小峽之間 80裡地段據點堅守，激戰兩月有餘，阻敵無法前進。左宗棠一麵增兵，一麵策反西寧守軍。回民軍抽兵回攻西寧，分散了兵力，終被敵擊退。十二年春，大通(今大通北)、巴燕戎格(今化隆)等地失守，馬桂源、馬本源兄弟被俘，西寧回民軍起義失敗。在此之前，總兵徐占彪即奉左宗棠命率川軍 12營進至肅州城郊攻奪堡寨。西寧之戰結束後，左宗棠不斷調兵增援肅州，清軍增至 40營，將肅州合圍。三月，白彥虎率陝西回民軍從西寧救援肅州，見清軍防守嚴密，遂走新疆。馬文祿率軍多次突圍未成。九月，左宗棠抵肅州前線，指揮 60營兵力攻城。馬文祿見外援無望，清軍又利用西寧投降的回民軍首領在城外喊話誘降，遂於九月十五日開城門投降，千餘名起義軍被左宗棠殺害。堅持鬥爭 12年的陝甘回民起義失敗。
四處出擊兵力分散的金積堡之戰
金積堡位於靈州西南 50餘裡處，西臨黃河，南、北有秦、漢二渠。同治二年(1863年)，伊斯蘭教教主馬化龍領導甘肅(今甘肅、寧夏、青海部分地區)回民起義，據為根據地。八年春，陝甘總督左宗棠督軍入甘，命提督劉鬆山率軍由陝經花馬池(今寧夏鹽池)西進；命提督雷正綰由固原北上合擊金積堡。八月，清軍占靈州，控製堡東北的水寧洞；十月，攻占秦、漢二渠彙流處的峽口，完成對金積堡的包圍。九年正月，回民軍出擊，奪回峽口，攻永寧洞受挫，退守馬武寨。十五日，回民軍擊斃劉鬆山，使清軍士氣大挫，後乘勝反攻，入陝襲敵後路。左宗棠忙調兵堵截，同時命劉錦棠接統劉鬆山部，重新組織進攻。回民軍四處出擊，兵力分散，無力阻擋清軍進攻，峽口及金積堡外圍 570餘座堡寨幾乎全部失守。清軍在金積堡周圍掘長壕二道，分段駐重兵圍困。回民軍糧儘援絕，馬化龍為保全部眾生命，於十一月十六日赴清營請降，交出槍械，金積堡失陷。
爭戰義起藍李
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