【第17章 任務分工】
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他抬起頭。
蘇曼晴已經站在了他麵前，手裡提著一個灰色的電腦包，肩上還挎著一個帆布袋子，鼓鼓囊囊的不知道塞了些什麼。
她穿著一件深藍色的衛衣，頭發紮成低馬尾，臉上的表情淡淡的，看不出什麼情緒。
“來了。”林曉小聲說，下意識地壓低了音量。
圖書館裡不能大聲說話，這是基本規矩。
蘇曼晴點了點頭，目光掃了一眼他桌上攤開的那堆資料，沒說話。
“這裡不太方便說話，我們去英語角那邊。”林曉把桌上的東西收攏起來，抱在懷裡，抬了抬下巴示意她跟著走。
英語角在圖書館二樓的東側，是一塊相對開放的區域，擺著幾張圓桌和十幾把椅子。
圖書館在設計的時候特意把這塊區域跟主體閱覽區分開了，隔著一道玻璃門，說話的聲音不會傳過去。
平時英語角裡三三兩兩坐著人，有的是在練口語，有的是在小聲討論問題，氛圍比閱覽室那邊寬鬆不少。
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林曉找了個靠裡的圓桌，把東西放下，又在旁邊拉了一把椅子過來。
蘇曼晴在他斜對麵坐下，從電腦包裡掏出筆記本電腦，打開，放在桌上。
“我先跟你介紹一下這個課題的整體思路。”林曉沒有多廢話，直接進入了正題。
“你之前說你不了解分子動力學模擬，我覺得還是有必要先讓你知道我們在做什麼、為什麼選這個方向、預期能做成什麼樣。不然你改綜述的時候沒有上下文，會很吃力。”
蘇曼晴點了點頭，一隻手搭在電腦鍵盤上，另一隻手從帆布袋子側麵抽出一支筆，擺在筆記本旁邊。
林曉翻開自己的筆記本，翻到寫著選題思路的那一頁，開始講。
他從離子通道的基本生理功能講起。
這些鑲嵌在細胞膜上的蛋白質孔道，控製著鉀、鈉、鈣等離子的跨膜運輸，是神經信號傳導、心臟搏動、肌肉收縮等一係列生命活動的基礎。
門控機製這個詞，他解釋得比較細。
所謂門控，就是離子通道在什麼條件下打開、什麼條件下關閉。
有的是電壓門控，膜電位變化觸發開關。
有的是配體門控，某種分子結合上去才打開。
還有的是機械門控，也就是細胞膜的張力變化激活通道。
“我們選的是一個電壓門控鉀離子通道，叫做Kv1.2。這個通道的結構已經解析出來了，有現成的PDB文件可以用，不需要自己建模。而且這個通道在文獻裡被研究得比較充分，有大量的實驗數據可以跟我們模擬結果做交叉驗證。”
林曉講到這裡的時候，蘇曼晴的筆開始動了，在筆記本上寫了幾個關鍵詞。
“傳統實驗方法研究門控機製，主要靠電生理技術。這個技術的精度很高，能測到單個離子通道的電流變化，但有一個根本性的局限。”
“它看不到通道到底長什麼樣、哪個部分在動、怎麼動的。測到的電流變化是間接證據，我們推測通道打開了或關上了，但永遠看不到打開的過程中構象是怎麼變化的。”
蘇曼晴抬起頭看了他一眼，眼神裡多了一些東西，像是確認。
林曉繼續往下講。
“分子動力學模擬恰恰能解決這個問題。我們把通道的原子結構輸入計算機，給每個原子設定好力場參數，就是描述原子之間怎麼相互作用的數學公式。”
“然後讓計算機按照牛頓力學去迭代計算每一個原子的運動軌跡。輸出的是一個軌跡文件，記錄了模擬過程中每一個時刻每一個原子的坐標和速度。”
“拿這個軌跡去分析，就能看見通道是怎麼從關閉狀態變成打開狀態的。哪一個螺旋在旋轉，哪一個氨基酸殘基在移動，離子通過的路徑上有沒有障礙，全都清清楚楚。”
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