【第51章 怎麼難度突然就升了級？】
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旁邊，華國農業大學顧洪雅教授清了清嗓子：“這位同學，計算生物學我並不精通，不過我還是想問你一個問題。”
“請問你論文中用於展示離子通道門控動力學的圖表是怎麼處理的？用的什麼軟件？另外，我看到你的部分數據標準差比較大，這個原因是什麼？”
會場突然安靜下來。
但不是那種凝滯的、讓人窒息的安靜，而是一種微妙的、帶著期待感的靜默。
後排幾個評委不約而同地抬起眼睛，目光在顧洪雅和林曉之間來回掃了一下。
什麼情況，怎麼難度突然就升了好幾級？
這能算一個問題嗎？
前麵兩個還好說，最後那個想要回答好很不容易啊。
坐在右側邊上的那位滿頭白發的老教授甚至微微側了側身，把耳朵朝向講台的方向，像是在準備聽一段精彩的交鋒。
顧洪雅是在國際生物學界都非常知名的植物生物學家。
她的核心工作雖然集中在植物基因與進化機製的探索上。
但說自己不精通這個方向就純屬是謙遜的說法了。
畢竟，這是一個真正懂行的人問出的問題。
圖表怎麼處理的？
用什麼軟件？
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標準差為什麼偏大？
三個問題，層層遞進，從操作層麵一路追問到數據質量層麵，每一個都打在痛點上。
尤其是第三個。
標準差較大，這意味著數據的離散程度高，對於一篇試圖闡明離子通道門控機製的研究來說，離散的數據往往是論文審稿人最喜歡做文章的地方。
審稿人會說，你的數據波動這麼大，是不是實驗設計有問題？
是不是樣本量不夠？
甚至是不是你在選數據？
林曉沒有急著回答問題，因為稍微有些出乎意料。
儘管這個類型林曉很熟悉。
數據與結果分析模塊。
問的數據來源與處理，屬於答辯中典型的查操作環節。
評委不需要你講大道理，她要聽的是你實實在在做了什麼，以及你對數據的理解有多深。
“謝謝顧老師的問題，我一個個回答。”林曉思索片刻，聲音穩定：“首先回答圖表處理的問題。論文中所有的分子結構圖、軌跡快照和相互作用網絡圖，都是用Visual Molecular Dynamics進行可視化和渲染的。”
林曉說到這裡頓了一下，目光與顧洪雅接觸了一秒，確認對方在聽，然後繼續：“具體來說，通道蛋白的卡通表示、側鏈的棍狀表示、以及水分子和離子的球狀表示，都是在VMD中完成的。用於展示門控構象變化的那些多幀疊加圖，我用了VMD的軌跡瀏覽器功能，每隔500皮秒取一幀，然後通過腳本批量渲染，最後用ImageMagick拚接成序列圖。”
顧洪雅的眉頭微微動了一下，幅度很小，如果不仔細看幾乎注意不到。
林曉說到這裡，之前問過問題的林致鑫微微點了一下頭。
VMD是分子動力學模擬領域最主流的可視化工具，這個回答中規中矩，但腳本批量渲染這個細節說明不是隨便截幾張圖湊數的。
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