進入了第二階段。自此，學習就更專業化了。課程中增加了築城學，此外每周還有幾學時的操練、射擊和騎術，但卻根本不教軍事史和戰術。
在這個軍事學院裡有一百二十六名貴族出身的學員，象布裡埃納軍校一樣，分為自費生和象拿破侖這樣由王室資助的公費生。他們是為各軍兵種(包括海軍)培養的。其中攻讀炮兵職銜的有二十五名。拿破侖在這裡再次遇到自費生們的冷眼蔑視。他也承認他與法國貴族裡的那些傲慢之輩結下了不解之仇，而且任憑他們對他冷嘲熱諷，他也要一如既往地為他可愛的科西嘉辯護，他已經有五年沒有見到這塊故土了。不過，他已不象布裡埃納軍校時那樣鬱悶內向，離群索居。這位年輕的科西嘉人正在漸漸改掉那種易於激怒的壞脾氣。在皇家軍事學校一般學員要花兩到三年時間才能取得軍官資格，但拿破侖卻異常勤勉，結果在第一學年結束時就通過了考試，並於1785年9月，在他16歲時，與其他三位同學一起被任命為皇家炮兵少尉，但是那三位年齡都比他大。這次考試的主考官就是著名數學家皮埃爾-西蒙·納普勒斯(1749-1827)。
與拿破侖同期畢業的炮兵學員中有兩個人是值得一提的：一個叫馬茲斯，一個叫菲力普斯，他們二人在七年之後廢除君主製時，都棄官移居國外。馬茲斯是拿破侖在布裡埃納軍校時最親密的朋友，而當他倆在同一個炮兵團服役時仍是最要好的朋友。相反，菲力普斯卻一直與這位年輕的科西嘉人勢不兩立。他在大革命期間離開法國之後，便在英軍中當了上校，並與西德利·史密斯準將一道，在1799年5月的阿克圍城戰中擊敗過拿破侖。
從軍校畢業後，拿破侖被派往當時駐紮在瓦朗斯的拉費勒炮兵團。在頭三個月裡他不得不站崗放哨以及執行其它一些列兵勤務，一直到1786年1月10日他才正式就任。這個時期他真可謂“一貧如洗”，年俸僅1,120法朗，除了薪餉和津貼之外沒有其它任何收入。拿破侖第一次下團隊任職的時間不長，因為在1786年9月，他以家有急事為由，請假回到了故鄉科西嘉。
拿破侖的家境的確是每況愈下。其父卡洛已於1785年2月死於胃癌，幾乎沒有給家裡留下分文。卡洛生前在科西嘉總督馬比夫的鼓勵下曾種植了大片桑樹苗以期得到政府的津貼，因為法國當局很想在島上發展養蠶業。然而這筆津貼始終未付，這就使得萊蒂齊亞·波拿巴陷入了絕境：為種植桑樹她負債近9,000法朗，而且還要養活三男三女共六個孩子，幸虧她是個性格堅強，很有誌氣的女子。
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長子約瑟夫，原打算讓他進教會任神職，後來發現他對於這一行當絲毫不感興趣，於是便改變主意，希望他能在炮兵部隊裡謀得一官半職，結果又未成功，最後約瑟夫進了比薩大學學習法律。因此幫助母親克服困難的重擔落在了拿破侖的肩上，從那時起拿破侖也就擔負起管理家庭事務的責任。在告假科西嘉期間，他決定上巴黎去索取政府原先答應付給的桑樹種植津貼。由於請的長假已經到期，他就給上司寄去一張他目前不宜服役的醫師證明，結果續假的要求得到批準。1787年9月12日他乘船去大陸並前往巴黎。在那裡雖然反複交涉卻一無所獲。不過使他對政府部門辦事拖拉的惡習有所了解，從而對官場作風深惡痛絕。拿破侖在團裡服役的頭四年中竟設法請到了近乎兩年的長假，當時軍紀之鬆弛由此可見一斑。
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