埃爾上校指揮司令官的私人衛隊。5月9日，拿破侖由巴黎到達土倫，檢查三萬七千官兵登船的最後準備工作。在登船前夕，他向部隊發表了動人心弦的演說，答應在他們回國時每人分給六英畝土地。
這支遠征隊最顯著的特征也許是它含有一支由167位科學、技術和文化專家所組成的考察團。他們是去調查研究埃及的自然資源和古代文物的。他們之中有博物學家、物理學家、化學家、地圖測繪人員、工程師、考古學家和藝術家。在征集這支隊伍時，拿破侖得到了他的科學顧問和朋友蒙日(1746-1818)的大力協助。他們之間的關係類似第二次世界大戰期間，徹韋爾勳爵與丘吉爾首相之間的關係。拿破侖在科學和文史方麵均有廣泛的興趣，他還是一名出色的數學家。誠如後來所證明的，這次遠征在考古和科學方麵所取得的成果比其軍事價值要偉大得多。
5月19日，這支大船隊從土倫啟航，它由三百餘艘運輸船組成，裝載了二萬五千名步兵、三千名騎兵、三千名炮兵和工兵。布律埃斯中將(1753-1798)指揮的十三艘大型戰艦和六艘快速帆船負責護航。拿破侖乘坐的是布律埃斯的旗艦“東方號”。航行途中，來自科西嘉、熱那亞和契維塔韋基亞等地的船隊也先後加入進來。
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這次遠征的保密工作做得很好，僅有少數幾位高級軍官知道他們正駛往埃及。官方直到最後一刻還稱他們是英吉利軍團的左翼。有關其航行的消息，兩周後才傳到英國，而且即便在那時，皮特首相還以為法軍要在愛爾蘭登陸。僥幸的是皇家海軍倒非常警惕。聖文森特勳爵的地中海艦隊當時正封鎖著西班牙港口加的斯，因為那裡停泊著一個西班牙海軍中隊。5月2日，他派納爾遜海軍中將進入地中海去摸索並擊毀法國的船隊。納爾遜的艦隊最後是由十四艘戰列艦，二艘快速帆船和一艘海岸炮艦組成的。如果它能截住拿破侖的艦隊則一定能輕而易舉地重創法國遠征軍。由於風暴和逆風的影響，納爾遜直到拿破侖早已駛遠後才到達土倫。然而遺憾的是他與自己的快速帆船分開了，這就不利於他在遼闊的地中海搜索極力躲避它的敵人。拿破侖這支龐大的船隊在英國船隊行蹤不明的情況下，緩緩駛向公海，這的確是一種令人難以置信的莽撞的冒險行為。儘管這次賭博成功了，但那也不過是僥幸而已。
6月9日，拿破侖平安抵達馬耳他島。登陸部隊在該島分數處上岸，並立即圍攻設防的瓦萊塔港。騎士團隻作了象征性的抵抗便於6月12日上午三時放棄了這座堅不可摧的要塞。在其後六天裡，拿破侖極為繁忙，他視該島為法國的一個屬國，重整那裡的政府和經濟。他留下沃布瓦將軍的四千法軍鎮守馬耳他，並於6月19日繼續航行。6月30日，拿破侖抵達埃及水域。
從土倫至亞曆山大港的整個航程用了六周時間。途中曾碰到過幾次風暴。由於艙內擁擠加上很多人暈船，所以官兵們苦不堪言。食物變質得非常快，而在馬耳他又找不到多少補給品。因此，在抵達亞曆山大前夕，拿破侖告誡部隊要作好吃苦的準備，並要求他們尊重伊斯蘭教，上岸後力戒擄掠。
在遠征船隊駛近埃及海岸時，拿破侖派了一艘快速帆船先行，以偵察亞曆山大港。這艘快速帆船於6月29日駛抵該港，找到了法國領事馬戛龍，並於次日把他帶回旗艦。從這位領事的口中，拿破侖得知納爾遜的一艘艦船在兩天前曾到過亞曆山大。這位領事還告訴他，該城將會抵抗進攻，埃及當局也不會允許他的任何船隻進港。拿破侖聽說納爾遜的艦隊就在附近遊弋，心中十分不安，便決定立即在港西的開闊灘頭登陸。布律埃斯將軍力勸他不要這樣做，因為岸邊水淺，運輸船隻能在離岸三英裡遠的水麵拋錨而當時又正刮著北風。他指出在亞曆山大港以東十四英裡處的阿布基爾灣有一個隱蔽的錨地和灘頭，是一個合適得多的登陸地點。然而拿破侖擔心英國艦隊會隨時來襲，便拒絕了這位海軍將領的忠告，並堅持立即在小漁村馬拉布特附近登陸。該村在亞曆山大以西八英裡處。
1798年的亞曆山大可不是在英國占領下經過一個多世紀的發展而形成的今天這樣一個擁有上百萬人口的大商港。當時僅有一萬六千人，是一個破舊小鎮，港口很小而且尚未開發。對於開羅而言，當時主要的港口是達米埃塔，該港位於尼羅河的東口，在亞曆山大港以東一百二十英裡。
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