的飛行趕來。
8時55分，攻擊開始。
戰鬥機首先對空中的零星美機進行攻擊，以確保掌握製空權。在肅清了空中的美機後，便轉入對地麵目標的掃射。水平轟炸機攻擊了卡紐黑、希凱姆和福特島三處機場。俯衝轟炸機則對有彈幕射出的軍艦進行俯衝轟炸，這樣就能避免重複攻擊已受重創的美艦。“內華達”號戰列艦正由拖船拖往韋波角，成為日機集中攻擊的目標，艦上的消防管被炸斷，隻好由拖船用水泵全力協助該艦滅火。當日機見錨地裡停泊的軍艦都已沉沒或起火，便轉而攻擊在船塢裡的艦船。“賓夕法尼亞”號戰列艦正在船塢裡大修，沒被第一波的魚雷機發現，所以沒有受到魚雷攻擊。但被第二波的日機投下的一枚炸彈命中，炸壞了小艇甲板。“肖”號驅逐艦被炸飛了艦首，起火的燃油隨海水四下蔓延，引爆了在船塢裡的另外2艘軍艦。在北部港灣裡停泊的輔助船隻，也被第二波的日機炸沉炸傷多艘。
在第一攻擊波後，美軍已做好了戰鬥準備，因此第二攻擊波遭到了較為猛烈的高射炮火的射擊。有20架日機被擊落，其中戰鬥機6架，轟炸機14架。
9時45分，第二波的飛機開始返航。淵田低空繞珍珠港盤旋一周拍攝了被炸後的情景，才最後一個返航。
10時，由哈爾西中將率領的以“企業”號航空母艦為核心的特混艦隊，完成向威克島運送增援戰鬥機的任務正在返回珍珠港的途中，接到太平洋艦隊司令金梅爾上將的命令，向南追擊日軍艦隊。這一命令是根據一連串錯誤的報告和無線電定位下達的，幸虧是錯誤的方向，不然，哈爾西的這支小規模艦隊真的同日軍艦隊交手的話，那麼日後在太平洋上立下赫赫戰功的哈爾西和“企業”號航空母艦就被葬送掉了。
徒勞無功的哈爾西於12月9日下午才返回珍珠港。
13時，日軍第二攻擊波的飛機陸續返回航空母艦降落。淵田最後降落，他和第2航母艦隊司令山口多聞少將都強烈建議進行第三次攻擊。
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