“應該對天皇陛下謝罪的隻有我山本一人。”
看來，山本似乎已經決定放棄攻擊敵航空母艦和占領中途島的任何企圖。6月5日零點15分，山本采取了放棄這種企圖的第一步，他命令近藤和南雲的部隊回到主力艦隊來。該命令說：
一、中途島攻略部隊（除去目前在待機中的輸送船團，但包括第七巡洋艦戰隊在內）和第一機動部隊（除“赤城”號、“飛龍”號及其警戒兵力）加入主力。
二、今天9點整，主力將到達北緯32°08′，東經179°01′地點。航向90°，航速20節。
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在這道命令自“大和”號發出後不到3個小時，即6月5日2點55分，聯合艦隊司令長官從“大和”號上又發出一道命令。這項命令最後肯定了日本聯合艦隊中途島作戰計劃的失敗。命令說：
一、撤銷中途島作戰計劃。
二、中途島攻略部隊和第一機動部隊（除“飛龍”號及其警戒兵力外）同主力會合，這支聯合部隊於6月6日上午在北緯33°，東經170°地點加油。
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