【第20章 很有天賦呀】
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接下來的一個星期,林曉的生活像是一台精密運轉的機器,每一個齒輪都咬合得嚴絲合縫。
白天的節奏是這樣的:上午上課,下午沒課的時候就泡機房,有課就上完課再去。
生物化學、分子生物學、線性代數、概率論與數理統計這些課程的作業和預習任務,被他壓縮在課間和午餐後的零碎時間裡完成。
以前他還會在課間刷刷手機、跟彭博文閒聊幾句。
那麼現在,這些碎片時間全部被拿來看文獻、整理筆記、複習上節課的內容。
下午是機房的專屬時段。
GROMACS的學習曲線比他預想的要陡峭得多。
第一天他花了整整兩個小時才把一條最簡單的多肽鏈跑通,中間報了十幾個錯,每一個錯都要去論壇裡翻帖子、去手冊裡查參數說明。
但慢慢地,報錯越來越少,命令行越敲越順,從輸入文件的準備到能量最小化,從NVT平衡到NPT平衡,最後到生產跑整條流程開始變得順暢起來。
VMD和PyMOL的學習相對容易一些。
分子可視化的核心不是軟件操作,而是知道看什麼。
通道的孔徑怎麼測量?螺旋的旋轉角度怎麼計算?關鍵氨基酸殘基的側鏈構象怎麼變化?這些問題想清楚了,剩下的就是對著教程一步一步點了。
至於Python腳本,林曉之前就有一些基礎。
他曾經自學過一點編程,雖然算不上精通,但寫個數據處理的小腳本還是夠用的。
這次需要做的事情不複雜。
從軌跡文件中提取特定原子坐標、計算均方根偏差和均方根波動、繪製離子通過通道時的能量分布曲線。
這些功能都有現成的代碼模板可以借鑒,他隻需要修改參數、調試運行就可以了。
晚上則是理論學習的黃金時段。
圖書館十點閉館,他就轉戰通宵自習室。
課業不能落下。
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微積分的作業、線性代數的證明題、生物化學下周的小測,這些都要按部就班地完成。
競賽的理論儲備也不能停。
《計算生物學導論》還差兩章沒看完,分子動力學模擬的經典論文攢了十幾篇沒讀,力場參數化的原理還有很多細節沒吃透。
一天二十四小時,被他拆成了五六個區塊,每個區塊都有明確的任務,切換之間幾乎沒有過渡。
以前從機房到圖書館,他會慢悠悠地走,看看路邊的銀杏葉黃了沒有,聽聽廣播裡放的什麼歌。
現在他走路的速度都快了不少,像是有人在後麵趕著走。
彭博文對他的這種狀態已經從震驚變成了習慣,偶爾會在林曉半夜回宿舍的時候,迷迷糊糊地從被窩裡伸出一隻手,豎起一個大拇指,然後翻個身繼續睡。
到了周五,大部分事情都按照計劃推進得差不多了。
實驗設計的初稿已經在機房的實際操作中驗證過好幾輪,技術路線上的幾個關鍵參數都做了優化調整,預實驗的數據也跑出了一組還算像樣的結果。
雖然離完美還差得遠,但作為競賽初賽階段的材料,已經足夠說明問題了。
林曉給蘇曼晴發了一條消息:“周五一節課結束之後,圖書館碰個頭?把各自的進度對一下。”
“好。”
周五下午最後一節課結束,林曉提前十分鐘到了圖書館二樓的英語角。
蘇曼晴來得比他預想的要早,他剛坐下把筆記本電腦打開,她就已經出現在玻璃門外了。
還是那個灰白色的電腦包,還是那個鼓鼓囊囊的帆布袋子,還是那副淡淡的、看不出什麼情緒的表情。
“來了。”林曉招呼她坐下。
蘇曼晴從帆布袋子裡掏出一遝打印好的文稿,大概有二十來頁,整整齊齊地用長尾夾夾著。
“綜述的定稿,”她把文稿放在桌上,推到林曉麵前,“你先看。”
林曉接過來,一頁一頁地翻。
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