麥克阿瑟大意之下，竟讓日軍於9月越過海拔2000米的歐文·斯坦利嶺進抵莫爾茲比港東北50公裡處。
這時，日軍鑒於瓜達爾卡納爾島形勢急轉直下，遂推遲了攻占莫爾茲比港的時間，要求南海支隊撤退。盟軍乘機反擊，10月麥克阿瑟調集澳軍和美軍兵力2個師，分三路向巴布亞半島北岸發起攻擊，切斷了日軍補給線。12月攻占哥納，次年2月攻克布納，日軍殘部逃住萊城。此役，日軍損失約1.2萬人，盟軍傷亡8500多人。
到1943年夏，麥克阿瑟已擁有17個師。海軍編為第7艦隊，擁有各型飛機1400架。麥克阿瑟接下來的目標就是在新幾內亞收複薩拉莫阿，肅清胡昂半島，然後繼續向西北推進，從左翼迂回新不列顛島同時向西奪取新幾內亞西部地區，為收複菲律賓開辟道路。麥克阿瑟揮師西進，運用“蛙跳”戰術多次成功地實施兩棲登陸，到1944年7月底控製了整個新幾內亞。
所謂的“蛙跳戰術”是基於減少盟軍傷亡、加速戰爭進程的一個大膽戰法。即在有限的兵力下，進攻部隊不脫離己方航空兵的掩護，沿著前進的軸心線，向幾個重要目標外圍作跳躍式進攻。麥克阿瑟說：“這同所謂的‘越島作戰’恰恰相反。後者是以直接的正麵兵力迫使敵人逐漸向後退卻，其結果必然招致重大傷亡。現在不必向敵人控製下的眾多島嶼橫衝直撞。‘越島作戰’損失巨大，進展緩慢，不符合我的以最低代價儘快結束戰爭的理想。”這種麥氏戰法的精髓是“避實擊虛”，即避免以大量的傷亡進行正麵攻擊，而是打擊敵之薄弱部位，進而切斷補給線以孤立敵軍，使其無所作為，自行窒息而亡。運用這一新穎而富有想象力的戰法，美軍取得了巨大的成功，進攻的速度不僅快，且傷亡小。原來估計美軍的傷亡將是日軍的2倍，結果卻相反，日軍的傷亡是美軍的2倍。
1944年夏，在進攻日本的路線上，麥克阿瑟與尼米茲發生了嚴重分歧。尼米茲認為應當繞過菲律賓呂宋島，進攻台灣和中國沿海地區，以便直接打擊日本本土，而麥克阿瑟認為應當首先解放菲律賓，說繞過菲律賓是不可能的。他批評道：“如果我們不能解放菲律賓人，就會給美國的榮譽抹黑。”為解決兩邊的分歧，羅斯福總統於7月專程赴珍珠港召開會議，設法縮小雙方分歧。麥克阿瑟的雄辯與熱情打動了有“蠻牛”之稱的固執的海軍上將哈爾西，關鍵是哈爾西派出的飛機深入菲律賓中部摧毀了日軍478架飛機，自己隻損失了8架，這表明，日軍在菲中部的空中力量幾乎是空殼。由此整個戰區的全盤戰略握到了麥克阿瑟手中。
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9月21日，麥克阿瑟簽發了進攻萊特的計劃，這是太平洋戰爭中最大、最複雜的一次戰役。突擊部隊達20萬人，艦船700多艘。10月19日上午，在金凱德艦隊震耳欲聾的炮聲後，麥克阿瑟麾下克魯格4個師的突擊梯隊冒著日軍密集的炮火登上了灘頭。下午2點，在蒙蒙細雨中，麥克阿瑟通過無線廣播電台發表講話：“菲律賓人民，我，美國陸軍五星上將道格拉斯·麥克阿瑟回來了!”
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