隨著神聖計劃的開展，被選召的孩子們正式落戶數碼獸村落。在這個沒有大人管束的世界，孩子們放飛了自己的天性，紛紛按照自己的興趣在法易路島上玩耍生活。喜歡玩耍的整天帶著自己的數碼寶貝搭檔在幼年期數碼寶貝裡瘋玩；喜歡看風景的帶著搭檔在創始村四周旅遊觀賞；想要當老師的跑到數碼寶貝幼年期學堂跟著年長數碼獸後麵一邊學習，一邊當助教；想當父母這樣的大人的則跑到創始村裡跟著天鵝獸等數碼寶貝學習照顧幼年期數碼寶貝；當然也有想要出去冒險的組團找到表麵冷酷實則是個大暖男的獅子獸那聽它以前去外麵冒險的故事了解數碼世界大概的情報，為以後冒險做準備。
不同的興趣，不同的生活，一年時間轉眼流逝。隨著現實網路數據的吸收，數碼世界得到長足的發展的同時，各種變化也接踵而來。網路是混雜的，各種各樣的數據都流傳在網路之中，有美好的生活也有殘酷惡的悲劇，有神話傳說也要古今史實，有病毒也有殺毒軟體等等不一而足，而吸收了這些數據的數碼世界也不免繼承它們的特質。
數碼世界的數碼獸或多或少受到了一些影響，病毒屬性，黑暗化的數碼獸也應運而生。相對於數據屬性和疫苗屬性的數碼獸，病毒屬性的數碼獸對於進化更加執著。相比慢慢積累數據進化，病毒屬性的數碼獸更偏向於戰鬥掠奪其他數碼獸的數據讓自己快速進化。而數據屬性和疫苗屬性的數碼獸為了應對快速成長的病毒屬性數碼獸的威脅，則選擇了抱團結盟。
麵對鐵打一塊的數碼獸聯盟，原本普遍單打獨鬥的病毒屬性數碼獸在一些強者的收攏下成立黑暗聯盟，兩個聯盟之間的戰鬥席捲整個數碼世界，僅僅隻有創始村這個數碼獸之源在兩個聯盟的默契下，成為僅存的一片凈土。為了數碼世界不被破壞，徐數暫時鎖死數碼獸的上限，最多隻能進化到成熟期，這一定程度上減少數據的消耗，加快數碼世界的修復速度。
而被選召的孩子們終於有人通過了獅子獸的考驗，開始了數碼世界的冒險。
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與此同時，來到這個世界已經3年的徐數因為經常總是一個人在院子裡發獃曬太陽，被擔心孫子出現心理問題的徐奶奶丟到外麵的幼兒園裡認識結交更多的人（福利院有幼兒班）。操心著數碼世界和地球未來的危機的徐數倒是沒什麼意見，不過是換個地方發獃睡覺（觀察研究）。
在神聖計劃進入正軌之後，徐數將重心轉移到數碼世界數據的演化。可能不同世界的原因，數碼世界的數據演化緩慢，現在基本隻到達成熟期，也導緻數碼獸難以進化到完全體。即使積蓄數據強製進化也達不到預期的效果，而且因為數據的不完全，很可能會退化回成熟期甚至成長期。基於可能會出現這種吃力不討好的狀況，徐數利用許可權暫時鎖死了完全體以上的進化，這也讓一些成熟期可比肩完全體的數碼獸脫穎而出。
為了儘快讓數碼獸有進化到完全體的能力，徐數將學業知識放到一邊，連接數碼世界一起分析吸收的網路數據，加速數據的演化。
這一忙就是三年，轉眼時間來到2013年，經過三年的努力，徐數成功解鎖部分數碼獸的完全體。而且自身的的數據在這三年的演化中也得到一定的修復，以數碼世界的數碼合金為基礎，結合自己光之巨人的能力（雖然現在變不了身），參考《機動奧特曼》的裝甲給自己創造了一套成熟期的奧特裝甲，隻要合金的數據再完善一些就能進階完全體。
“徐數，檢測到恆星能量異動，地球多處出現異常能量波動。”某天，徐數正和吉爾巴利斯一起觀察著數碼世界時，吉爾巴利斯檢測到現實世界出現異常並及時彙報。
“嗯？恆星能量？太陽之光已經到地球了？看來那些散落在地球上的神河超級基因被激活了。是時候開始神聖計劃第二階段了，將神聖計劃在東半球投放，記憶開始半解鎖（醒來有映像，但認為是夢）。”看著眼前投影的地球模型，徐數下令道。
“投放完成，半解鎖完成。”吉爾巴利斯紅光閃過，徐數不布置的任務就完成了。
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“警報，未知生命體進入地球。”
“嘖，妖魔鬼怪一個個都蹦出來了，”看著投影之中從天而降的大火球，直挺挺落在天使國際的大廈頂層會議室，將辦公室炸的一片狼藉，徐數脫口而出，“這算硬著陸還是軟著陸？”
“目標下落並未減速，但在突破辦公室玻璃牆時速度銳減，除玻璃碎石濺射造成的桌椅破損外，室內並無其他較大破壞，為軟著陸。”
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