馬新貽雖然隻中了刺客一刀，但那一刀刺中了他的肝臟，足以致命。那天，馬新貽被人抬回總督府。因失血過多，第二天下午二時許便不治身亡。
刺殺馬新貽的凶手對自己的犯罪行為供認不諱，他是抱著與馬新貽同歸於儘之心來的。此人叫張文祥，曾是太平天國侍王李世賢手下一員戰將，也曾與清軍在安徽、江西等地作戰。馬新貽辦團練剿撚時與張文祥交過手，被張文祥俘獲。但張文祥有意歸順朝廷，與馬新貽竟結為金蘭之好，後歸馬新貽節製。
卻不知一對義結金蘭的兄弟，為何有一日竟反目成仇，張文祥對他的兄弟如此痛下殺手。
關於這個“刺馬案”，清朝正史野史中均有記載。正史《清史稿·馬新貽傳》中有記載，但僅有寥寥數語且語焉不詳。各種野史傳聞中卻將此描繪得有聲有色，但小說家演繹的成分太多，根本不足為憑。
綜合正史與野史的種種說法，此案大體有如下幾種比較流行的說法：一、馬新貽為湘軍所殺，是湘軍策劃的一場政治謀殺；二、馬新貽為仇家所殺，常在官場走，難免會得罪一些仇人；三、馬新貽死於情殺，據說馬新貽是一個“漁色負友”之徒，霸占強奸朋友之妻才導致如此下場。
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很顯然，從馬新貽為人為官的做派來講，後麵兩種說法都不能站住腳。倒是第一種，細細推敲之下，頗耐人尋味。
太平天國陷落後，江寧及中國的東南半壁江山幾乎都落在湘軍手裡，曾國荃等人更是依仗著攻陷天京的頭功，不把任何人放在眼裡。彼時的馬新貽，不過一個資曆甚淺無多少威望的小小文官，朝廷卻把他放在兩江總督這樣一個重要位置上，這讓湘軍的很多將領很是不滿。
據說，曾國荃、丁日昌等對馬新貽極為仇恨，一直在想辦法除掉他。
這些，都讓“刺馬案”更接近於第一種說法。但凡事要有理有據，沒有確鑿的證據，一切就隻能是猜測，曆史便無法為此定論。
刺馬案發生後，清廷三番五次派出大員前往查案，查來查去卻是越查越糊塗，不能結案。也許，對這樁案子的內幕，慈禧太後和曾國藩都是心知肚明的。所以，慈禧太後才會讓曾國藩親自來審理此案。
同治九年（1870）十一月十七日，曾國藩奉命充任通商事務大臣。
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