滌著那座飽經滄桑的古城，曾國藩就這樣永遠從人生的舞台上謝幕了。這一天，被禦賜為“勳高柱石”的曾國藩發腳麻、舌蹇之症，在兩江總督衙門溘然長逝。
如同他生時帶著那個巨蟒天降的神話一樣，這個渾身被神秘光環籠罩的人，起身離開時也注定不會太平淡。據傳，曾國藩去世時，金陵城正下著一場綿綿小雨，天色陰沉淒慘。忽然，一道火光照徹金陵天空。金陵的江寧、上元兩縣縣令以為城中失火，急帶人出來滅火，又找不到火源來自何處。抬頭望天空，卻見陰沉沉的天空中有一處紅光圓如鏡麵，那團紅光在天空徘徊良久，遂向西南方向緩行而去，良久方隱沒。
曾國藩去世的消息傳到京城，恭親王大驚，急忙入奏兩宮太後。兩宮太後亦歎息不止，命同治皇帝輟朝三日，以示哀悼。下諭追贈太傅，照大學士例賜恤，予諡文正，入祀京師昭忠祠、賢良祠，並在湖南和江寧兩地建立專祠，生平政績，宣付史館。一等侯爵，著其子曾紀澤承襲，次子附貢生曾紀鴻，長孫曾廣鈞賞給舉人，其他孫子亦賞給員外郎主事等職。
曾國藩的葬禮是前所未有的隆重，祭奠活動竟長達百天。朝廷派人，接連往祭。曾國藩的故舊也紛紛寄來挽聯、挽詩。
左宗棠此時還在西北軍中，聽到曾國藩去世的消息，強硬的漢子也忍不住悲聲吞淚，整整一天茶米未進。其實，曾、左二人並非如外界所論屬個人意氣之爭，隻是在軍國大計方麵持不同意見而已。同時，左宗棠也高度評價曾國藩有“知人之明，謀國之忠”，並坦言在這方麵自己遠不如他。
曾國藩對左宗棠的評價其實也相當高，他曾對左宗棠說：“有君國有屏障，無君斷無新疆。論兵戰，吾不如左宗棠；為國儘忠，亦以季高為冠。國幸有左宗棠也。”
曾國藩在世時，雖一度數年不與左宗棠通音信，卻讓自己的大兒子曾紀澤拜左宗棠為師，並不許子女參與他與左宗棠之間的恩恩怨怨。曾國藩去世後，左宗棠對他的子女後人也極儘照顧。這些自然還是後話。
李鴻章是曾國藩一生最為得意的門生，儘管在後來的官場上，師生二人也曾明爭暗鬥，但沒有曾國藩的提攜就沒有李鴻章日後的發達，這是不爭的事實。李鴻章終生都以自己是曾國藩的學生為榮。他的挽聯如此寫道：
師事近三十年，薪儘火傳，築室忝為門生長；
威名震九萬裡，內安外攘，曠代難逢天下才。
曾國藩也算沒有錯看這位弟子，他生前沒能完成的心願，後來都由這位弟子替他一一完成。
在李鴻章等人的努力下，同治十一年（1872）七月初九，三十名赴美留學的幼童自上海起航。這是近代中國派出的第一批留學生，堪稱“中華創始之舉，抑亦古來未有之事”，可惜此時曾國藩早已長眠地下，他終是沒能等到這一天。
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曾國藩的遺體被運回湖南，葬於長沙南門外金盆嶺南坡。
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